第一章 核酸化学
Chapter 1 Chemistry of Nucleic Acid
? 核酸的化学组成
? 核酸的结构
? 核酸的性质
? 真核生物染色体 DNA的结构特点
第一节 核酸的化学组成
一、核酸的概念
? 酸性的大分子物质,与碱性蛋白(组蛋白、鱼精蛋白)
结合存在于细胞核中。
? 由许多 核苷酸 排列组成,是遗传的物质基础。
? 核苷酸 = 磷酸 + 戊糖 + 碱基
( <脱氧 >核糖)( 嘌呤和嘧啶 )
Nucleotide=?+ (Deoxy)Ribose + Base (Purine\ Pyrimidine)
第一节 核酸的化学组成
二、核糖与脱氧核糖
核糖的 C2上 O脱去成为脱氧核糖。
据此,将核酸分为
DNA( deoxyribonucleic acid):大部分在核中
RNA( ribonucleic acid ):核、质均有分布
有三种 RNA,tRNA,mRNA,rRNA
( 15%)( 5%)( 80%)
第一节 核酸的化学组成
三、碱基 (base):嘌呤与嘧啶碱基
共有 5种,嘌呤碱基,Adenine,Guanine
嘧啶碱基,Cytosine,Thymine
Uracil (RNA特有 )
另有一些 稀有碱基,如 Inosine (Hypoxanthine) <多见于 tRNA的
6-氧嘌呤,cf,Adenine 6-氨基嘌呤 >
第一节 核酸的化学组成
四、核苷与核苷酸 (nucleoside & nucleotide)
核苷:核糖(或脱氧核糖) + 碱基
糖环上 C1 ?与碱基 N9(嘌呤)或 N1(嘧啶)形成糖苷键
核苷 酸,核糖(或脱氧核糖) + 碱基 + 磷酸
(脱氧 )核苷酸,戊糖的 C2 ?, C3 ?, C5 ?位均可接?。
生物体内大多是 5 ?-?,即?接在 C5 ?上。
cf,多?核苷酸与多核苷酸。
第一节 核酸的化学组成
五、环化核苷酸
如,3 ?,5?-AMP 和 3 ?,5?-GMP
作为第二信使在细胞内起作用。
六、辅酶类的核苷酸
如,NAD+,NADP+,CoA,FAD均含腺嘌呤核苷酸。
第二节 核酸的结构
一、核酸的连接方式
? RNA,DNA均 无分支 ( cf,多糖)
? 主链由戊糖、?组成,以 3 ?,5 ?-?二酯键 连接。
NB 单独的核苷酸中有无 3 ?,5 ?-?二酯键?
e.g,环化核苷酸
? 开链具有 5 ?- 和 3 ?-端。
第二节 核酸的结构
二、核酸的一级结构 (Primary Structure)
? 即核苷酸的排列方式。
// cf 蛋白质的一级结构
? DNA的遗传信息是由碱基的精确排列结构决定的。
? 测定方法 (Sanger,1977; Maxam & Gilbert,1977)
----HGP (Human Genome Project)
? 简 (缩 )写 \读方式:
单链:从 5 ?-端到 3 ?-端。线条式、文字式( cf,蛋白质)
双链,注明两条链的走向。
第二节 核酸的结构
三,DNA 的二级结构 (Secondary Structure)
? DNA双螺旋结构模型 (Double Helix Structure Model of
DNA)的主要依据:
? Chargaff定则 (碱基配对、等比定律 ),A=T,G?C; A+G=C+T
? X-射线衍射数据
? 电位滴定行为
5‘--末端
3‘--末端
磷酸基
糖基
氢键
碱基
Double Helix Structure
Model of DNA
第二节 核酸的结构
三,DNA 的二级结构
? DNA双螺旋结构模型要点:
? 两条多核苷酸链反向平行,主链为右手螺旋。主链在外侧,碱
基在链的内侧。
? 两条链的碱基之间按 A=T,G?C配对,以氢键相连,碱基对
(base pair)平面与纵轴垂直。主链上戊糖与?以 3 ?,5 ?-?二酯
键 连接,糖环平面与纵轴平行。
? 双螺旋的直径为 2nm,相邻碱基对的距离是 0.34nm,夹角为
36°,即每个螺旋含 10个核苷酸残基,螺距 3.4nm。
第二节 核酸的结构
三,DNA 的二级结构
? DNA双螺旋结构稳定的因素:
? 氢键
? 碱基堆积力,主要的稳定因素
? 离子键,核苷酸带负电荷,与介质中的阳离子结合形成。
? 与 组氨酸或多胺 结合
?Any applications?
第二节 核酸的结构
三,DNA 的二级结构
? DNA构象的多态性:
双链 DNA 右旋 A-DNA,RH 75%,结合 Na盐
B-DNA,RH 92%,结合 Na盐
C-DNA,RH 66%,结合 Li盐
左旋, Z-DNA螺旋 (?在多核苷酸骨架上呈 Z-字形分布 )
三链 DNA:与基因的表达调控有关 ?第三条链如何排列 \配对?
? DNA的 三级结构
第二节 核酸的结构
四,RNA的结构
1,RNA的类型与分布:由 DNA复制后转录而来。
1),细胞质 RNA
rRNA ( 80%):合成蛋白质的场所,分子量大。较稳定。
mRNA( 5%):含有 DNA的遗传信息,在核糖体翻译为蛋白质。
种类较多。最不稳定。
tRNA ( 15%):携带氨基酸,分子量小 (4S)。稀有碱基丰富。
其中,rRNA在原核细胞和真核细胞中有所不同:
原核细胞,70S= 30S=16S+Proteins
50S=23S+5S+Proteins
真核细胞,80S= 40S=18S+Proteins
60S=28S+5.8S+5S+Proteins
第二节 核酸的结构
四,RNA的结构
1,RNA的类型与分布:由 DNA复制后转录而来。
2),细胞核 RNA
前体 RNA:是迁移的 RNA,是细胞质中 RNA的前体。其分子量比
成熟的 mRNA大得多。
hnRNA:即核不均一 RNA,指 mRNA的前体,存在于核内。
小分子 RNA:非迁移的 RNA,分子量小 (4-5S)。
通常在核中与染色质结合,形成固定的结构,故称染色质
RNA (chRNA)。
第二节 核酸的结构
四,RNA的结构
2,RNA的碱基组成:
? 由 U代替 DNA中的 T。其它同 DNA。
? 单链、无分支的多核苷酸链。
? 不存在严格的碱基配对。即 RNA长链不是从头到尾的碱基配对,
只是局部地方存在碱基配对。
==>出现链内盘旋、折叠、扭曲等,形成局部的环、突起、颈 (茎 )
环 (“发卡 \夹” )结构。
第二节 核酸的结构
四,RNA的结构
3,RNA的一级结构:
以 mRNA为例 (编码组蛋白的 mRNA除外 ),有以下特征:
? 3 ? - polyA
? 5 ? - 有 帽子结构, (5 ?) -mG- 5 ? ppp 5 ? -Nm-G
? polyA与 mRNA从核到质中迁移有关。 polyA随时间延长而变短。
帽子结构抗 5 ? -核酸外切酶降解。
? 5 ? - 帽子结构下游有一不编码区,与核糖体结合 (蛋白质合成的起
始 )。 3 ? - 上游也有一不编码区,功能不详。
cf,原核细胞的核膜不完整,其 mRNA的 5?-,3?-端 无此类结构。
第二节 核酸的结构
四,RNA的结构
4,RNA的二级结构:
以 tRNA为例:“三叶草”形
? 氨基酸臂 。 所有 RNA的 3 ? -末端均为 -CCA,氨基酸可挂在 A中
戊糖的 2?-或 3 ? -OH上。 ==>携带氨基酸的功能。 5 ? -端富有 G,
使之更加稳定。
? dhU环 。 Uracil的 5,6-双键饱和形成 dhU。被氨基酸 DNA合成酶
识别。 dhU臂由 3-4对碱基组成。
? 反密码子 (anti-codon)环 。反密码子由 3个碱基组成,与氨基酸的
密码子配对,决定携带何种氨基酸 。此环常出现 次黄嘌呤 (I)。
有 5-7 bp组成反密码子臂与其它部分相连。
第二节 核酸的结构
四,RNA的结构
4,RNA的二级结构:
以 tRNA为例:“三叶草”形
? 额外环 。是可变区,可含 3-18个碱基。不配对的碱基组成臂 。
是 tRNA分类的指标。
? T?C环 。 7个核苷酸组成,与核糖体结合有关。由 5对碱基组成
T?C臂与其它部分相连。
?:假尿嘧啶核苷酸。尿嘧啶与核糖形成 C5-C1?糖苷键。
NB tRNA的稀有碱基,如 I,?,mG, T等
? tRNA的 三级结构,倒,L” 形
第三节 核酸的性质
一、核苷酸的性质
? 无色、溶于水。
? 由于 base具有共轭双键,所以核苷、核苷酸和核酸均有 紫外吸
收 (240-290 nm),最大吸收值在 260 nm处。 ?定量测定?
二、核酸的性质
?一般性质
? DNA为白色纤维状固体,RNA为白色粉末。
? 均为 两性电解质 。微溶于水 (溶液呈酸性 ),不溶于有机溶剂。
==>用 70-95%乙醇提纯核酸。
? 粘度 DNA>RNA。 溶解度, RNA易溶于低盐 (0.14M NaCl),
DNA易溶于高盐浓度 (1M NaCl)。
? 室温下,稀 碱 能水解 RNA,而 DNA稳定。稀酸可水解 DNA,而
浓酸可水解 RNA。
第三节 核酸的性质
二、核酸的性质
?颜色反应:
? 苔黑 (地衣 )酚法 ( 5-甲基间苯二酚) ----鉴定 RNA
生成的绿色化合物在 670 nm处有最大吸收值。
? 二苯胺法 ----鉴定 DNA
生成的蓝色物质在 595 nm处有最大吸收值。
?重要性质:
增色 效应和 减色 效应
双螺旋结构比单个核苷酸的 UV吸收低 30-40%。
?定量测定的依据?
第三节 核酸的性质
二、核酸的性质
?核酸的变 性和复性( denature & renature)
1,变性,核酸的 氢键断裂,成为单链无规则线团状。 ==>增色效应
不涉及 磷酸二酯键的断裂 <称 降解 >。 (cf 蛋白质的变性 )
高温、酸、碱和有机溶剂均可使核酸变性。
? Tm值, DNA热变性时,增色效应达 50%(即 OD值达最大值的一
半 )时的温度。亦称 熔点 \熔解温度 。熔解是爆发性的过程,熔距
仅几度。 Tm值一般在 70-85?C之间。 ?经验公式
? 与 Tm值有关的因素,G,C含量;盐溶液浓度; DNA的均一性。
第三节 核酸的性质
二、核酸的性质
?核酸的变 性和复性 ( 续 )
2,复性,变性的 DNA在适当条件下重新缔合成为双螺旋结构的过
程。 (部分重新结合现象称,退火,。 ) ==>减色效应
? 与复性有关的因素:
温度下降速度:慢,可以复性,否则不能复性。
DNA片段:越大,复性越慢。
DNA浓度:越大,复性越快。
第三节 核酸的性质
二、核酸的性质
?核酸的变 性和复性( 续 )
3,分子杂交,变性的 DNA在适当条件下可能重新配对形成双螺旋
结构,但不一定与原来的 DNA片段结合。若与其它 DNA(RNA)
片段结合,称,DNA(RNA)杂交”。 ==>应用?
4,降解:
3? -5 ??二酯键断裂,分子量下降。降解后的 DNA不能复性。
cf,变性不影响分子量。
第四节 真核生物染色体 DNA的结构特点
? DNA的重要功能:
DNA?RNA?Protein ?Biological Function
物种遗传 ——复制
控制性状 ——转录与翻译
? 基因:
DNA分子上一段编码表达多肽链或 rRNA或 tRNA的核
苷酸序列。
基因
转录
翻译 多肽
折叠
活性蛋白
遗传信息的表达
与性状控制
第四节 真核生物染色体 DNA的结构特点
一、重复序列
第四节 真核生物染色体 DNA的结构特点
二、内含子和外显子 (intron & exons)
即断裂基因 (split gene)
外显子 ——基因中 能够 编码蛋白质的核苷酸序列。
内含子 ——基因中 不能 编码蛋白质的核苷酸序列。
通常,基因都至少有一个内含子,也称插入序列、居间序列。
真核细胞中,除编码组蛋白的基因外,所有编码蛋白质的基因
都有内含子和外显子之分。
内含子的作用:
?含有调节信号。
?将基因分割成交换单位,为基因重组提供条件。
第四节 真核生物染色体 DNA的结构特点
三、回文结构
回文:正反读均有相同意义的句子。( 例子? )
回文结构在真核细胞中相当普遍。
5′AATTGTGACAATT 3′
3′TTAACACTGTTAA 5′
若变性后复性,会形成发夹或十字结构。
功能,可能与 DNA-蛋白质之间的识别有关;翻译时遇到回文结构
即终止;水解时,内切酶作用点多在回文结构处。