第九部分 Chem3D实例指导
9.1 利用键工具建立模型
9.2 利用 Replacement Text建立模型
9.3 检查结构能量
9.4 ChemDraw和 Chem3D信息转换
9.5 分子轨道 (HOMO及 LUMO)
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9.1 利用键工具建立模型
Chem3D起始界面
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9.1 利用键工具建立模型
Chem3D起始界面
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选择
轨迹球
单键
双键
三键
虚键
文本
橡皮
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显示设置
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显示设置属性
线状模型
棒状模型
球棍模型
圆柱键模型
比例模型
带状模型
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选择 【 单键 】 工具,在模型窗口向右按动
圆柱键模型
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线状模型
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棒状模型
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球棍模型
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比例模型
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带状模型常用于生物分子
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选择 【 轨迹球 】 工具,使分子模型
在模型窗口沿 X,Y轴旋转
X,Y轴旋转指示
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选择 【 轨迹球 】 工具并按,Alt”键,
使分子模型在模型窗口沿 Z轴旋转
Z轴旋转指示
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模型结构信息
光标位于原子上,
自动显示原子信息
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光标位于键上,
自动显示键信息
模型结构信息
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模型的进一步信息
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模型的键长数据
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模型的键长和键角数据
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乙烯模型中的双键信息
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键级改动
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显示氢及孤对电子
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不显示氢及孤对电子的环己烷
原子名称及序数
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选择工具,双击原子,
按顺序改变原子序号
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利用 【 键 】 工具建立的结构,键
角及键长可能不正常,应 【 整理
结构 】
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环己烷的椅式构象
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9.2 利用 Replacement Text建立模型
使用 【 文本 】 工具输入结构式
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按 【 Enter】 自动转化为模型
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括号表示支链
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整理结构
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简单优化
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4-甲基 -2-戊醇模型
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建立 1,2-双甲基环戊烷模型
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整理结构
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建立 Ibuprofen(布洛芬 )模型
H 3 C C H
C H 3
C H 2 C H
C O O H
C H 3
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建立十肽菌素模型
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建立十二丙氨酸醇分子模型
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改变显示方式
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设为线状模型
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设为带状模型
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a-螺旋模型
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使用子结构建立模型
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子结构模型库
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选择所需的子结构,然后复制
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粘贴复制结果
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在子结构上进行编辑
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9.3 检查结构能量
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模型旋转
对位交叉
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总能量计算
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空间位阻能,0.977kcal/mol
计算结果
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模型的二面角数据
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数据与模型对应
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显示原子符号及序号
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按动旋转
数据相应改变
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对位重叠
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空间位阻能,3.906kcal/mol
计算结果
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9.4 ChemDraw和 Chem3D信息转换
ChemDraw中
画出的分子结构
复制粘贴到 Chem3D中
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Chem3D中
画出的分子模型 复制粘贴到ChemDraw中
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9.5 分子轨道 (HOMO及 LUMO)
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显示轨道时
必须选择
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选择分子轨道
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选择 HOMO
轨道
HOMO轨道
显示
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乙烯分子的 HOMO轨道
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选择 LUMO
轨道
LUMO轨道
显示
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乙烯分子的 LUMO轨道
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