蛋白质的合成
第一节 mRNA
一、 原核生物mRNA的结构二、 真核生物mRNA的结构第二节 遗传密码一、 遗传密码的破译二、 遗传密码的特点第三节 核糖体一、 核糖体的结构与组成二、 rRNA与核糖体蛋白的结构与功能
(一)、 rRNA的结构与功能
(二)、 核糖体蛋白的结构与功能第四节 蛋白质合成的机理一、 氨酰tRNA合成酶：氨基酸的活化和氨酰tRNA的合成
(一)、 活化
(二)、 连接二、 蛋白质合成的一般过程
(一)、 翻译起始
(二)、 延伸
(三)、 终止
(四)、 翻译后加工三、 原核生物的蛋白质合成
(一)、 翻译起始
(二)、 延伸
1、 新氨酰tRNA入位
2、 肽键形成（转肽）
3、 核糖体移位。
(三)、 终止
(四)、 原核生物的翻译后加工
1、 切除加工
2、 糖基化
3、 甲基化
4、 磷酸化
(五)、 原核生物的翻译调控四、 真核生物的蛋白质合成
(一)、 翻译起始
(二)、 延伸
1、 入位
2、 肽键形成（转肽）
3、 移位
(三)、 终止
(四)、 真核生物的翻译后加工
1、 切除加工
2、 糖基化
3、 羟基化
4、 磷酸化
5、 亲脂修饰
6、 甲基化
7、 二硫键形成
(五)、 真核生物的翻译调控
1、 mRNA向细胞质的运输
2、 mRNA的稳定性
3、 翻译的负调控
4、 起始因子磷酸化。
5、 translational frameshifting
五、 蛋白质合成后的定向转运
(一)、 信号肽,翻译转运同步机制
(二)、 翻译后转运机制（posttranslational translocation）
六、 蛋白质的折叠
对于终产物为RNA的基因，只要进行转录及转录后的处理，就完成了基因表达的全过程。而对于终产物是蛋白质的基因，还必须将mRNA翻译成蛋白质。
因此，蛋白质是基因表达的最终产物（基因表达的最终产物还包括tRNA、rRNA及其他RNA），蛋白质的生物合成过程实质上也是基因表达的一个过程，它包括转录和翻译。从化学的角度讲，蛋白质的合成就是20种基酸按照特定地顺序聚合成多肽并按照一定的折叠机制折叠成最终的活性构象状态。那么，我们要问，在生物体内是谁直接决定着蛋白质合成的氨基酸顺序从而最终主宰了它的高级结构和功能的呢？mRNA。
根据中心法则，DNA特定的碱基次序A、T、G、C就象一串密码（称为遗传密码），首先经过转录作用，DNA的A、T、G、C碱基序列严格按照碱基配对原则被复制成mRNA的A、U、G、C序列，于是mRNA就直接充当了蛋白质合成的模板，mRNA的A、U、G、C序列被转变成蛋白质的氨基酸序列，这种转变是一个质的飞跃，称为翻译，就好象把一种语言（碱基序列）翻译成另一种语言（氨基酸序列）。
那么在翻译过程中就有两个关键性地问题：（1）遗传密码（碱基序列）到底是怎样决定氨基酸序列的呢？也就是说什么样的碱基序列决定什么样的氨基酸序列呢？（2）通过什么样的方式或机制实现碱基序列到氨基酸序列的转变？因为氨基酸不能与碱基配对，因此一个碱基序列显然不能象转录一样简单地直接转换成氨基酸序列，而必须通过一种中间分子（又称接头分子）的媒介作用来实现，而且这种接头分子要能同时识别碱基序列和它所决定的氨基酸序列。这种接头就是tRNA分子。
需要指出的是蛋白质的合成是一个复杂的过程，包括翻译、翻译后加工和定向输送以及正确折叠，而且到现在为止，其中的许多重要方面仍在研究之中。
真核生物蛋白质的合成，需要300多种生物大分子协同工作：核糖体RNA及结合蛋白、各种酶、各种tRNA、加工修饰酶等。
蛋白质合成的场所：标记各种a.a，注入大鼠体内，在不同时间取出肝脏，匀浆，离心分离各种亚细胞器，分析放射性蛋白的分布，证实蛋白质的合成是在核糖体上进行的。
首先认识一下mRNA、遗传密码、和核糖体，然后再深入学习蛋白质合成的细节过程。
mRNA
mRNA的概念首先是由F.Jacob和J.Monod1965年提出来的．因为当时已经知道编码蛋白质的遗传信息载体ＤＮＡ是在细胞核中，而蛋白质的合成是在细胞质中，于是就推测，应该有一种中间信使在细胞核中合成后携带上遗传信息进入细胞质中指导蛋白质的合成，后来经过众多科学家的实验，发现了除rRNA和tRNA之外的第三种RNA,它起着这种遗传信息传送的功能,称为信使RNA(mRNA)。mRNA的半衰期很短,很不稳定,一旦完成其使命后很快就被水解掉。
原核生物和真核生物mRNA的结构差异教大，尤其是在5’端。
原核生物mRNA的结构
5’端SD序列
P404-P405
在起始密码子AUG上游9-13个核苷酸处，有一段可与核糖体16S rRNA配对结合的、富含嘌呤的3-9个核苷酸的共同序列，一般为AGGA，此序列称SD序列。它与核糖体小亚基内16S rRNA的3’端一段富含嘧啶的序列 GAUCACCUCCUUA-OH（暂称反SD序列）互补，形成氢键。使得结合于30S亚基上的起始tRNA能正确地定位于mRNA的起始密码子AUG。
原核mRNA分子，许多是多顺反子。
转译时，各个基因都有自己的SD序列、起始密码子、终止密码子，分别控制其合成的起始与终止，也就是说，每个基因的翻译都是相对独立的。如E.coli，一个7000b的mRNA编码5种与Trp合成有关的酶真核生物mRNA的结构真核生物mRNA5’端均具有m7GpppN帽子结构，无SD序列。
帽子结构具有增强翻译效率的作用。若起始AUG与帽子结构间的距离太近（小于12个核苷酸），就不能有效利用这个AUG，会从下游适当的AUG起始翻译。当距离在17-80个核苷酸之间时，离体翻译效率与距离成正比。
真核生物mRNA通常是单顺反子。
真核mRNA具有“第一AUG规律”，即当5’端具有数个AUG时，其中只有一个AUG为主要开放阅读框架的翻译起点。起始AUG具有二个特点：
（1）AUG上游的 -3经常是嘌呤，尤其是A。
（2）紧跟AUG的 +4常常是G。
起始AUG邻近序列中，以ANNAUGGN的频率最高。若-3不是A，则+4必须是G。无此规律的AUG，则无起始功能。
有关mRNA发现及其证实的细节看书P391.
遗传密码我们已经知道,多肽上氨基酸的排列次序最终是由DNA上核苷酸的排列次序决定的，而直接决定多肽上氨基酸次序的是mRNA上的核苷酸的排列次序,不论是DNA还是mRNA都是由4种核苷酸构成，而组成多肽的氨基酸有20种,显然,必须是几个核苷酸的组合编码一个氨基酸才能应付局面.用数学方法很容易算出,如果每2个核苷酸编码1个氨基酸,那么4种核苷酸只有16中编码方式，显然不行,如果每3个核苷酸编码1个氨基酸,则有64种编码方式,很理想,如果4对1则有256种,太没必要也太复杂了,时刻记住生物体是一个最理想的体系.而且科学家们用生物化学实验已经证实是3个碱基编码1个氨基酸,称为三联体密码或密码子。那么让我们看一下遗传密码是如何破译的。
遗传密码的破译在遗传密码的破译中,美国科学家M.W.Nirenberg等人做出了重要贡献,并于1968年获得了诺贝尔生理医学奖.
早在1961年，M.W.Nirenberg等人在大肠杆菌的无细胞体系中外加poly(U)模板、20种标记的氨基酸，经保温后得到了多聚phe-phe-phe，于是推测UUU编码phe。利用同样的方法得到CCC编码pro，GGG编码gly，AAA编码lys。
如果利用poly（UC），则得到多聚Ser-Leu-Ser-Leu，推测UCU编码Ser，CUC编码Leu，因为poly（UC）有两种读码方式：UCU——CUC和CUC——UCU
采用这种方式，到1965年就全部破译了64组密码子，见表P394。
遗传密码的特点在64个密码子中有61个编码氨基酸，3个不编码任何氨基酸而起肽链合成的终止作用，称为终止密码子，它们是UAG、UAA、UGA，密码子AUG（编码Met）又称起始密码子。
密码子：mRNA上由三个相邻的核苷酸组成一个密码子，代表肽链合成中的某种氨基酸或合成的起始与终止信号。
（1）方向性：从mRNA的5’到3’
（2）连读性编码一个肽链的所有密码子是一个接着一个地线形排列，密码子之间既不重叠也不间隔，从起始密码子到终止密码子构成一个完整的读码框架（不包括终止子），又称开放阅读框架（ORF）。那么如果在阅读框中插入或删除一个碱基就会使其后的读码发生移位性错误（称为移码）。
需要指出的是，两个基因之间或两个ORF之间可能会互相部分重叠（共用部分序列）。
（3）简并性几种密码子编码一种氨基酸的现象称为密码子的简并性。如GGN（GGA、GGU、GGG、GGC）都编码Gly，那么这4种密码子就称为Gly的简并密码。只有Met和Trp没有简并密码。一般情况下密码子的简并性只涉及第三位碱基。
问题：简并性的生物学意义？
A、可以降低由于遗传密码突变造成的灾难性后果试想，如果每种氨基酸只有一个密码子，那么剩下的44个密码子都了终止子，如果一旦哪个氨基酸的密码子发生了单碱基的点突变，那么极有可能造成肽链合成的过早终止。如GUU编码Ala，由于简并性的存在，不论第三位的U变成什么，都仍然编码Ala
B、可以使 DNA上的碱基组成有较达的变化余地，而仍然保持多肽上氨基酸序列不变（意思基本同上）。
（4）摇摆性
密码子中第三位碱基与反密码子第一位碱基的配对有时不一定完全遵循A-U、G-C的原则，也就是说密码子的碱基配对只有第一、二位是严谨的，第三位严谨度低，Crick把这种情况称为摇摆性，有人也称摆动配对或不稳定配对。显然，密码子的第三位和反密码子的第一位是摇摆位点。
具体说来，反密码子第一位的G可以与密码子第三位的C、U配对，U可以与A、G配对，另外反密码子中还经常出现罕见的I，可以和密码子的U、C、A配对，这使得该类反密码子的阅读能力更强。见表P396
问题：细胞内有几种tRNA？
当遗传密码破译后，由于有61个密码子编码氨基酸，于是人们预测细胞内有61种，但事实上绝大多数细胞内只有50种左右，Crick也正是在这种情况下提出了摇摆假说并合理解释了这种情况。
根据摇摆性和61个密码子，经过仔细计算，要翻译61个密码子至少需要31种tRNA，外加1个起始tRNA，共需32种。但是，在叶绿体和线粒体内，由于基因组很小用到的密码子少，那么，叶绿体内就有30种左右tRNAs，线粒体只有24种。
（5）通用性：密码子在不同物种间几乎是完全通用的。
目前只发现线粒体和叶绿体内有列外情况，这也是如火如荼的转基因的前提。但要注意的是不同生物往往偏爱某一种密码子。
核糖体核糖体又称核蛋白体，它是蛋白质合成的场所：标记各种a.a，注入大鼠体内，在不同时间取出肝脏，匀浆，离心分离各种亚细胞器，分析放射性蛋白的分布，证实蛋白质的合成是在核糖体上进行的。对于真核细胞来说，核糖体按其在细胞质中的位置分为游离核糖体（合成细胞质蛋白）和内质网核糖体（合成分泌蛋白和细胞器蛋白）。
不论原核细胞还是真核细胞，一条mRNA可以被同时几个核糖体阅读，把同时结合并翻译同一条mRNA的多个核糖体称为多核糖体。
核糖体的结构与组成核糖体是由核糖核酸（称为核糖体核酸,rRNA）和几十种蛋白质分子（核糖体蛋白）组成的一个巨大的复合体。不同类型生物中核糖体的结构高度保守，尽管其rRNA和核糖体蛋白的一级结构有所不同，但其三级结构却惊人的相似。
核糖体的大亚基上有两个重要的位点：P位点是结合肽酰tRNA的肽酰基的位点，A位点是结合氨酰tRNA的氨酰基的位点。
每个核糖体是由大小两个亚基组成，每个亚基都有自己不同的rRNA和蛋白质分子，表P307
rRNA与核糖体蛋白的结构与功能
rRNA的结构与功能结构：有大量的茎环（发夹）结构，结构复杂，可能是核糖体的钢筋骨架。
功能：
（1）蛋白质合成的施工平台（骨架）
（2）催化肽键形成的转移酶活性存在于23SrRNA上有人小心的去掉细菌核糖体的蛋白质组分，保持rRNA的相对完整性，发现蛋白质的合成仍可进行。
（3）参与tRNA与mRNA的结合可能的情况是：mRNA先识别rRNA的特定序列并结合固定下来,然后tRNA再识别并固定到rRNA特定的部位，其反密码子才与mRNA密码子配对。已经知道16SrRNA上有一段序列与原核mRNA上的SD序列相结合。
（4）在大小亚基的聚合中起重要作用
（5）在翻译的校正和翻译的调控方面有重要功能（如可结合调控因子）
总的来说，RNA分子似乎是整个核糖体的活跃的活性中心。
核糖体蛋白的结构与功能结构：大多数核糖体蛋白呈纤维状（可能起骨架作用），少数呈球状（可能起生物功能）。
功能：
(1)维持核糖体的结构
(2)新发现：一些核糖体蛋白具有DNA结（Heilix—turn—Heilix模块）；还有些真核核糖体蛋白具有DNA修复功能问题：
既然蛋白质是在核糖体中合成的，那么第一个核糖体中的蛋白组分又是怎样合成的？第一个核糖体又是怎样出现的？
先有DNA还是先有蛋白质？
大多数科学家越来越支持RNA起源论，既然核糖体中既有蛋白质又有RNA，那么彻底搞清楚核糖体的结构与功能及其起源也许会弄清生命的起源和演化。
RNA起源论：
第一个生活细胞里出现的是RNA分子，他同时具有信息储藏和生物演化的双重特性，也就是说既可以在一定程度上复制自己，又可以催化一些最初的生化反应，后来，随着活细胞的进化，DNA逐渐出现并成为更为稳定的遗传信息储存分子。
蛋白质合成的机理真核生物和原核生物在蛋白质合成方面有许多共同之处，因此，我们先学习蛋白质合成的一般过程，然后分别看一下原核和真核蛋白质合成的具体过程。
游离氨基酸在掺入肽链以前必须活化以获得额外的能量，每一种游离氨基酸首须在专一的氨酰tRNA合成酶的帮助下与专一的tRNA相连（有人称装载，LOAD），然后由tRNA负责将它带到核糖体上的特定位点（A位点上）并添加到正在合成的肽链C末端，这种从游离氨基酸到形成氨酰tRNA的过程既是氨基酸的活化过程，也是肽链每合成一步或延伸一步的必经准备阶段。下边我们先看一下这个过程是怎样完成的？
氨酰tRNA合成酶：氨基酸的活化和氨酰tRNA的合成基酸的活化和氨酰tRNA的合成是蛋白质生物合成的第一步，由氨酰tRNA合成酶催化。氨酰tRNA合成酶既能识别氨基酸，又能识别tRNA。
活化在Mg2+的存在下，氨酰tRNA合成酶首先识别并结合专一的配体氨基酸，然后氨基酸的羧基与细胞环境中的ATP发生反应形成一个酸酐型的高能复合物（氨酰AMP中间复合物）。该中间复合物暂时结合在酶上。
氨基酸 + ATP 氨酰AMP-酶 + PPI
连接由于氨酰tRNA合成酶上还存在专一的tRNA识别位点，因此特定的游离tRNA就会识别并结合到氨酰AMP-酶复合物的活性部位，此时氨基酸就会被转移到tRNA的3端，其羧基与tRNA 3端的自由-OH形成氨酰酯键，从而形成氨酰tRNA，这也是一个高能化合物，其能量足以形成肽键。由于氨酰tRNA能量低于氨酰AMP，所以这一过程是可以自发的。
氨酰AMP-酶 氨酰tRNA + AMP + 酶
氨基酸一旦与tRNA形成氨酰tRNA后进一步的去向就由tRNA来决定了，tRNA凭借自身的反密码子与mRNA上的密码子相识别，从而把所携带的氨基酸送到肽链的 一定位置上。每一个密码子对应的肽链位置上都能掺入正确的氨基酸。
结论：
（1）氨基酸的活化和氨酰tRNA的合成是蛋白质生物合成的第一步，每一种氨基酸在被掺入肽链之前都首先被活化和连接在专一tRNA上，活化和连接都发生在氨基酸的羧基上。
（2）载体tRNA凭借自身的反密码子与mRNA上的密码子相识别而把所携带的氨基酸送到肽链的一定位置上
（3）遗传信息是通过mRNA上的密码子与tRNA上的反密码子间碱基配对作用翻译出来的 。
氨酰tRNA合成酶：
每一种氨基酸都有至少一种专一的氨酰tRNA合成酶，它即能识别氨基酸，又能识别tRNA，从而把特定的氨基酸连到对应的tRNA上，有人也把氨酰tRNA合成酶的双向识别功能称为第二遗传密码。
不同的氨酰tRNA合成酶在分子量、氨基酸序列、亚基组成上差异较大。它是如何识别氨基酸的呢？仍不甚清楚。一些氨基酸由于结构上的显著特征容易识别如大小不同（Trp与Gly），带正负电荷（lys,asp），而一些氨基酸结构极其相似，如Ile 与Val 仅差一个甲基。尽管如此tRNAIle合成酶也能正确识别，但有时也能错误的形成Val –tRNAIle，但是每一种氨酰-tRNA合成酶都有一个校正位点，由于大小原因，只有Val –tRNAIle才能结合到校正位点，然后合成酶将Val又从tRNAIle上将其水解下来。
氨酰-tRNA合成酶还能正确的识别和结合tRNA，对于一些酶来说，tRNA上的反密码子是其识别特征，此外，tRNA上的受体茎环（acceptor stem）也是识别特征。
tRNA分子的突变与校正基因可以说tRNA是一个万能接头：
（1）对氨酰- tRNA合成酶的识别位点（接头合成酶）
（2）3端-CCA上的氨基酸运载位点（接头氨基酸，装载）
（3）对核糖体的识别位点（将氨基酸运送到目的地）
（4）反密码子位点（接头MRNA，验货并卸载）
同复突变：突变型生物有时重所获得其原有的性状，这是通过突变型遗传物质的化学变化而发生的。这种变化使遗传物质恢复到有功能的状态，重所获得原有的表型，这种过程称为回复，被回复的生物称为回复子。
回复突变的原因很多，其中有一种回复突变是由其在基因上发生一个突变引起的，这称为基因校正突变。大多数较正突变发生在tRNA基因上。
举例：基因间校正突变图当有某种tRNA突变分子出现时，必定还有可以识别正常密码子的该种tRNA存在。
蛋白质合成的一般过程蛋白质合成的一般过程如图18.3，
可以分为三个阶段：起始、延伸、终止，分别由不同的起始因子、延伸因子和终止因子（释放因子）参与。
翻译起始
（1）小亚基与mRNA结合
（2）起始氨酰tRNA进入P位点，它的反密码子与mRNA上的起始密码子AUG碱基配对。
（3）大亚基与小亚基结合形成起始复合物。
延伸
方向：mRNA 5/ 3/
新生肽,N/ C/
（1）就位：第二个氨酰tRNA通过密码子—反密码子的配对作用进入核糖体的A位点（氨基位点）。
（2）转肽：在大亚基上肽酰转移酶（peptidyl transferase）的作用下，A位点氨基酸的A-氨基亲核攻击P位点氨基酸的羧基基团并形成肽键，结果两个氨基酸均连到了A位点的tRNA上，该过程称为转肽作用（transpeptidation），此时，P位点上卸载的tRNA从核糖体上离开。
（3）移位（translocation，也可称转位）：核糖体沿着mRNA移动1个密码子位置，携带肽链的tRNA转位到P位点，A位点空出以便接纳下一个氨基酸。
终止由于终止密码子不能结合任何氨酰tRNA，于是肽链合成的终止因子（又称释放因子）识别并结合到终止密码子上，接着肽转移酶的酯化酶功能转变成水解功能，将肽链从P位点tRNA上水解掉，核糖体释放掉mRNA并解体成大小亚基，翻译结束。
在翻译过程中除了核糖体大小亚基,mRNA和氨酰tRNA外，还需要GTP和许多蛋白辅助因子。这些辅助因子有的起催化作用，有的起改变和稳定构象作用。
翻译后加工不论原核生物还是真核生物，翻译完成后，一些肽链能直接折叠成最终的活性形式，不需要加工修饰，然而经常的情况是新生肽链需要加工修饰（称为翻译后加工或修饰）包括：（1）切除部分肽段（蛋白酶）、（2）在特定氨基酸残基的侧链上添加一些基团（共价修饰）、（3）插入辅因子，还有些单肽要聚合成多亚基蛋白。
翻译后加工有两方面目的：
（1）功能需要
（2）定向转运的需要（这在真核生物中尤为复杂，合成的蛋白要定向运输到细胞质、质膜、各种细胞器如叶绿体、线粒体、溶酶体、过氧化物酶体等）。
尽管原核生物与真核生物在蛋白质合成方面有许多相似之处，但也存在差异，这些差异正是一些抗生素治疗和研究应用的基础。见表18.2
表18.2 蛋白质合成的选择性抗生素抑制剂抗生素
作用
氯霉素
与50S亚基结合，抑制原核肽转移酶
cycloheximide
抑制真核肽转移酶活性
Erythromycin
抑制原核肽链延伸
链霉素、卡那霉素
结合到原核30S亚基上引起读妈错误，导致合成的多肽连一级结构改变
Tetracycline
与30S亚基结合，干扰氨酰tRNA的结合
原核生物的蛋白质合成原核生物（大肠杆菌）每秒钟可翻译20个氨基酸，比真核生物快得多，而真核生物每分钟才大约50个氨基酸。
翻译起始
（图18.5）
翻译是从形成起始复合物开始的，在原核生物中该过程需要三个起始因子参与：IF1，IF2，和IF3。（IF1的功能尚不清楚）。
（1）IF3首先结合在30S亚基上，防止它过早地与50S亚基结合。
（2）mRNA结合到30S亚基上。
原核mRNA上在距起始密码子上游约10bp处有一段很短的（约10bp）富含嘌呤的区域称为SD序列，它能与30S亚基上的16S rRNA 3端的一段互补序列（不妨称反SD序列）配对结合，mRNA正是通过其SD序列与16S rRNA的配对结合而使它处于核糖体上的恰当的位置，并使起始密码子AUG处于P位点。SD序列与16S rRNA的配对还为识别起始密码子和Met密码子提供了一种机制。
原核多顺反子mRNA上的每一个基因都有自己的SD序列、起始密码子和终止密码子，每一个基因的翻译都是相对独立的。
（3）IF2,fMet-tRNAfmet结合到30S亚基上
IF2是一个GTP结合蛋白，它先与30S亚基结合并促使起始氨酰tRNA的密码子与mRNA 上的AUG结合（P位点）。原核生物的起始氨酰tRNA是N—甲酰甲硫氨酰tRNA（fMet-tRNAfmet ）。
（4）50S大亚基结合到30S小亚基上，形成起始复合物。
GTP水解成GDP释放的能量引起30S亚基构象变化，50S亚基结合到30S亚基上，同时IF2和IF3释放。
因此，原核生物肽链合成的起始复合体由mRNA、70S核糖体、fMet-tRNAfMet组成。
延伸肽链延伸分三步进行：（1）新的氨酰tRNA进入核糖体的A位点；（2）肽键形成（转肽）；（3）核糖体移位（转位）。这三步构成了肽链延伸的一个循环。
新氨酰tRNA入位图18.6
首先，在进入A位点之前，新氨酰tRNA必须与延伸因子EF—TU—GTP结合。延伸因子EF—TU是一个GTP结合蛋白，参与氨酰RNA的就位。氨酰RNA就位后，EF—TU—GTP水解，EF—TU—GDP从核糖体上释放下来，在第二个延伸因子EF—Ts帮助下EF—Tu—GDP释放掉GDP并重新结合一分子GTP再生成EF—Tu—GTP。
肽键形成（转肽）
肽键是在肽酰转移酶催化下形成的，现在认为肽酰转移酶活性存在于50S亚基23S rRNA上。驱动肽键形成的能量由P位点上的氨基酸与它的tRNA的高能肽酰酯键提供。新肽键形成后P位点卸载的tRNA就离开核糖体。
核糖体移位。
移位需要另一个GTP结合蛋白EF—G（延伸因子Ｇ，又叫移位酶）的参与。现在认为，GTP水解成GDP时释放出的能量促使核糖体构象发生变化，驱动肽酰tRNA从Ａ位点移动到Ｐ位点。空下的Ａ位点等待接纳下一个氨酰tRNA 。
EF—Tu：机动蛋白（motor protein）
多亚基的复合体（如核糖体）就象一个生化机器。它由几个相互作用的工作部件组成。机械性的工作是力与距离的产物。每一个生化机器的设计都能非常准确地保证所施用的力的量、所产生运动的量与方向，最后完成一项特定的工作。其中的力通常由核苷酸结合蛋白提供，称为NTPae，实质上是机动蛋白（motor protein，或称机械化学转换器 mechanochemical transducers ）因为NTP（ATP和GTP）的水解所造成的它自身构象的变化驱动了相连分子的构象向所需的方向转变。这种NTP水解驱动的构象变化主要定位于一个固定化的结构单元（称为开关）。EF—Tu就是一个广泛研究的GTP结合机动蛋白。
EF—Tu有三个结构域（ domain），域１含有一个GTP结合位点和二个开关区，域２通过一个柔软的肽段与域１相连。在结合GTP的活性状态下（ EF-Tu-GTP），EF-TU有一个aa-tRNA结合位点。aa–tRNA与 EF-Tu-GTP结合后的整个结构称为三元复合体。
EF-Tu的三个域都参与tRNA的结合。域３的几个氨基酸残基与tRNA的TφC环相互作用。aa-tRNＡ的反密码子从三元复合物上突出来，以便与mRNA的密码子相互作用。
在蛋白质合成时，EF-Tu-GDP（非活性状态）与EF-Ts相互作用释放出GDP，随后域１的GTP结合位点结合一分子GTP并改变域１的两个开关区的构象，结果使域１与域２靠近，形成１个aa－tRNA结合缝（binding cleft）。一旦一个aa–tRNA结合到该裂缝中，三元复合物就进入核糖体，aa—tRNA的反密码子与Ａ位点上mRNA D的密码子可逆结合，核糖体构象的变化触发EF-Tu 的GTP结合位点的构象变化，随后GTP水解使域１与域２分开，aa–tRNA被释放下来，EF-TU-GDP离开核糖体。
终止当终止密码子（UAA,UAG,UGA）进入Ａ位点时肽链合成就进入终止期。原核生物有三个释放因子（RF-1,RF-2,RF-3）参与终止。
RF1识别UAA和UAG，RF2识别UAA与UGA,RF3作用尚不清楚，可能促进RF1与RF2结合。这种识别过程需要GTP并改变了核糖体的构象，肽酰转移酶的功能发生瞬时变化，转变成酯酶功能，将连接肽链与P位点tRNA的肽酰酯键水解开，肽链从核糖体上释放，mRNA与tRNA解离，核糖体解体。
原核生物蛋白质合成中的能量计算（合成一个二肽）
ATPA（GTP）
高能键
甲酰-甲硫氨酰-tRNA合成
ATP-AMP
2
起始（IF-2）
GTP-GDP
1
第二个a.a-tRNA合成
ATP-AMP
2
第二个a.a-tRNA进入核糖体（EF-TU）
GTP-GDP
1
核糖体移位（EF-G）
GTP-GDP
1
终止（？）
GTP-GDP
1
合成二肽（形成一个肽链）需8个高能键，其后每加一个a.a需4个高能键。
例：合成200个a.a残基的多肽
8+198×4=800
4n=4×200=800
（真核：起始多1个ATP和1个GTP）
原核生物的翻译后加工一些新生肽链从核糖体上释放下来后就直接折叠成最终的三维结构。但多数情况下是新生肽要经过一系列的加工修饰，才具有功能。有关翻译后加工修饰的许多信息都来自真核生物中的研究，但是原核细胞中的多肽也要经过几种类型的共价修饰。
切除加工包括去掉N端的甲酰甲硫氨酸和信号肽序列。信号肽（Signal peptide），也叫引导肽（leader peptide），是决定多肽最终去向的一段序列，通常较短，典型情况下位于N端。在细菌中的一个例子就是多肽要插入细胞质膜必须借助信号肽序列。
糖基化尽管在原核生物中，绝大多数的复合糖是糖酯，但是，也有少量的糖蛋白的报道，例如Halobacterium细胞表面的糖蛋白，有关原核生物糖基化的机制及其功能都还不知道。
甲基化甲基转移酶利用硫酰苷甲硫氨酸对特定蛋白进行甲基化修饰。
在大肠杆菌和有关细菌中发现的一种甲基转移酶能甲基化膜结合的化学受体蛋白的谷氨酸残基。这种甲基转移酶和另外一种甲基酯酶催化的甲基化/去甲基化过程在细菌趋化性的信号转导中起重要作用。
磷酸化近年来，已经发现由蛋白激酶和蛋白磷酸化酶催化的蛋白质磷酸化/去磷酸化在原核生物中十分普遍。磷酸化/去磷酸化的意义还不太清楚。目前只知在细菌趋化性和氮代谢调空中有瞬间的磷酸化作用。
原核生物的翻译调控蛋白质的合成是一个非常耗能的过程。每形成一个肽键要消耗4个高能磷酸键（tRNA装载2个，aa-tRNA入位1个，移位1个）。在大肠杆菌中，用于合成的能量90%都给了蛋白质合成。因此，其合成必然要受到严格的调控。
在原核生物中，蛋白质合成的调控多在转录的水平上（操纵子模型），有如下几个原因：
（1）转录与翻译直接偶联，转录后不久就开始翻译，
图18.7
（2）原核生物mRNA的半衰期很短，大约1~3分钟，随着环境条件的改变，细胞内产生的mRNA种类会迅速改变。大多数mRNA被两种核酸外切酶降解：RNAaseII和多核苷酸磷酸化酶。
除了转录调控机制外，mRNA翻译速率也是调控位点。这种翻译速率的调控大多是由于SD序列的差异造成翻译起始效率的不同。因为SD帮助识别AUG和启动翻译的起始，因此SD序列的变化能影响翻译的起始效率从而调控了mRNA的翻译速率。乳糖操纵子的基因产物有3个：β-半乳糖苷酶，半乳糖透过酶，半乳糖苷转甲基酶，各个顺反子（即基因之间），常有一段非编码的间隔区。不同间隔区的长度变化，可以在1-100个之间，甚至可以重叠。但是它们的翻译量是不等的，硫代半乳糖苷转甲基酶的量只有β-半乳糖苷酶的1/5（硫代半乳糖苷酶的功能不清楚。乳糖发酵通常都是在不能产生它的突变细胞中进行的）。
乳糖将纵子
产物
Z基因产物：半乳糖苷酶
1
Y基因产物：半乳糖透性粉
0.5
A基因产物：半乳糖乙酰化酶
0.2
除了SD序列的差异外，原核生物还有一种调控机制：相对过剩的蛋白质翻译产物对自身多顺贩子mRNA翻译的负调控。也就是说，多顺贩子mRNA的其中一个产物相对过剩时能抑制整个多顺贩子mRNA的翻译。
图18.8
原核核糖体的55种蛋白质由20个操纵子编码。细菌的良好生长要求这些蛋白质的合成之间及其与rRNA的合成之间协调起来。例如PL11操纵子编码核糖体蛋白L1和L11，如果L1相对过剩就会占用了可利用的23SrRNA，结果抑制PL11mRNA的翻译。在23SrRNA缺乏的情况下，L1 蛋白也会结合在PL11mRNA的5’端抑制自身操纵子的翻译。
结论：
（1）原核生物蛋白质的合成相对较快，它需要起始因子IF-1、IF-2、I-3，延伸因子EF-TU、EF-TS、EF-G，释放因子RF-1、RF-2、RF-3的参与。
（2）尽管原核生物基因的表达多在转录水平上进行调控，但翻译水平上的调控也时有发生，包括SD序列对翻译起始的调控和相对过剩的翻译产物对自身多顺反子mRNA翻译的负调控。
真核生物的蛋白质合成蛋白质合成的研究最早是在哺乳动物细胞内进行的（入氨酰tRNA合成酶和tRNA的发现），但到60年代后注意力却集中到了细菌。原因很简单，细菌细胞易于培养，细菌基因的表达较简单也易于操作。进入70年代后，真核细胞的蛋白质合成又变成了研究的热点。
真核细胞的蛋白质翻译需要大量的蛋白因子，翻译后加工和定向输送比原核复杂得多。
翻译起始真核的翻译起始比原核尤为复杂，原因如下：
（1）真核mRNA的二级结构更为多样和复杂
（2）真核mRNA是经过多重加工的，它被转录后首先要经过各种加工才能从细胞核进入细胞质中，并形成各种各样的二级结构。一些mRNA与几种类型的蛋白质结合在一起形成一种复杂的颗粒状，有时称核糖核蛋白粒（ribonucleoprotein particle）,在翻译之前，它的二级结构必须改变，其中的蛋白质必须被去掉。
（3）核糖体需要扫描mRNA以寻找翻译起始位点真核mRNA没有SD序列来帮助识别翻译起点，因此核糖体要扫描每一个mRNA。核糖体结合到mRNA的5’端的帽子结构并向3’端移动一寻找起始位点。这种扫描过程很复杂，知之甚少，
真核的翻译起始用到的起始因子（eIF）至少有9种,多数的功能仍需进步研究。
翻译起始物的形成过程如下：
图18.9
（1）40S小亚基-(eIF-3)结合到(eIF-2-GTP)-Met-tRNAi复合物上形成40S前起始复合物（40S preinitiation complex）
这里，eIF-2-GTP介导了起始tRNA与40S小亚基的结合，然后eIF-2-GDP通过eIF-2B（鸟苷酸释放蛋白）再生。
此时，由于eIF-3和40S小亚基相结合，eIF-6和60S大亚基相结合，所以小亚基暂时还不能与大亚基相结合。
（2）mRNA结合到40S前起始复合物上形成40S起始复合物。
该过程需要ATP，另外还需要一些起始因子（eIF-4A、eIF-4B、eIF-4F、eIF-1）。
eIF-4F结合在mRNA5’端的帽子结构上，eIF-4A（一种ATPase）和eIF-4B（一种helicase）改变mRNA的二级结构。对真核起始因子的鉴定发现一些起始因子是更大因子的组成亚基，如eIF-4E（也称cap结合蛋白或CBPⅠ）就是由几个eIF-4F亚基组成。（eIF-4F常称为CBPⅡ）
（3）40S起始复合物扫描mRNA寻找适当的起始密码子（通常是5’端附近的AUG）。
（4）40S复合物与60S大亚基结合形成80S起始复合物。
该过程另需1个GTP。此时，60S大亚基上的eIF-6已经被释放。在形成复合物过程中，在eIF-5参与下，eIF-2-GTP水解成eIF-2-GDP。eIF-2，eIF-3，eIF-4A，eIF-4B，eIF-4F，eIF-1从起始复合物上释放。
因此，真核生物肽链合成起始复合物由mRNA、80S核糖体和Met-tRNAiMet组成。与原核相比，真核起始多消耗了1个ATP（形成40S起始复合物）、1个GTP（形成80S起始复合物）。
延伸图18.10
与原核类似，也可分为aa-tRNA的入位、转肽、移位三步反应。
入位
50kD的延伸因子eEF-1α-GTP与aa-tRNA结合，引导aa-tRNA进入A位点，aa-tRNA的反密码子如果与mRNA的密码子正确配对后eEF-1α-GTP水解掉一个P，随后eEF-1α-GDP离开核糖体，留下aa-tRNA。在eEF-1β、eEF-1γ的帮助下，eEF-1α-GDP再生为eEF-1α-GTP。
在真菌（如酵母）中，需要另一个延伸因子eEF-3与eEF-1α共同引导aa-tRNA的入位。
肽键形成（转肽）
核糖体大亚基的肽酰转移酶活性催化A位点α-氨基亲核攻击P位点的aa的羧基，在A位点形成一个新的肽键。P位点上卸载的tRNA从核糖体上离开移位移位需要一个100kD的延伸因子eEF-2-GTP。eEF-2-GTP结合在核糖体未知的位置上，GTP水解成释放的能量使核糖体沿mRNA移动一个密码子的位置，然后eEF-2-GDP离开核糖体。
终止真核细胞中有两个释放因子eRF-1和eRF-3（GTP结合蛋白）介导终止。当GTP结合到eRF-3后它的GTPase活性就被激活，eRF-1和eRF-3-GTP形成一个复合物，当UAG，UGA，UAA进入A位点时，该复合物就结合到A位点上，接着GTP水解促使释放因子离开核糖体，mRNA被释放，核糖体解体成大小亚基，新生肽在肽酰转移酶催化下被释放。
真核生物蛋白质合成中的能量计算（合成一个二肽）
ATPA（GTP）
高能键
甲硫氨酰-tRNA合成
ATP-AMP
2
起始（IF-2）
2GTP-GDP
ATP-ADP
3
第二个a.a-tRNA合成
ATP-AMP
2
第二个a.a-tRNA进入核糖体（eEF-1α -GTP）
GTP-GDP
1
核糖体移位（eEF-2-GTP）
GTP-GDP
1
终止（eRF-3-GTP）
GTP-GDP
1
合成二肽（形成一个肽链）需10个高能键，其后每加一个a.a需4个高能键。
例：合成200个a.a残基的多肽
10+198×4=802
（4n+2）=4×200+2=802
真核生物的翻译后加工许多新生肽要经过一种或几种共价键修饰，这种修饰可以在正延伸着的肽链中进行。一般情况下，翻译后修饰一是为了功能上的需要，另一种情况是折叠成天然构象的需要。包括：
切除加工典型的情况包括切除N-端甲硫氨酸、信号肽序列和切除部分肽段将无活性的前体转变成活性形式。
我们知道，一些酶的前体（称为前体酶proenzyme，或酶原zymegen）只有切除特定的肽段后才能从无活性形式转变成活性形式。无活性的多肽前体称为前体蛋白（proprotein）
图18.11是胰岛素的翻译后加工包含信号肽的胰岛素前体称为前胰岛素原（pre-proinsulin），去掉信号肽的胰岛素的前体称为胰岛素原(proinsulin),进一步切除称为C链的肽段后才能形成活性形式的胰岛素（insulin）
蛋白质内含子
90年代初，发现了两类新的内含子。
一类是蛋白质内含子，其DNA序列与外显子一起转录和翻译，产生一条多肽链，然后从肽链中切除与内含子对应的a.a序列，再把与外显子对应的氨基酸序列连接起来，成为有功能的蛋白质。
另一类是翻译内含子，mRNA中存在与内含子对应的核苷酸序列，在翻译过程中这一序列被“跳跃”过去，因此产生的多肽链不含有内含子对应的氨基酸序列。
糖基化真核生物中糖基化修饰很普遍，但是糖基基团的功能还不是十分清楚。通常情况下，分泌蛋白的寡糖链较复杂，而内质网膜蛋白含有较高的甘露糖。
图18.12是N-糖苷键型核心寡糖链的合成,它是在磷酸多萜醇上组装成的（多萜醇存在于所有细胞的细胞膜上，磷酸化多萜醇主要存在于内质网膜）。
羟基化在结缔组织的胶原蛋白和弹性蛋白中pro和lys是经过羟基化的。此外，在乙酰胆碱酯酶（降解神经递质乙酰胆碱）和补体系统（参与免疫反应的一系列血清蛋白）都发现有4-羟辅氨酸。位于粗糙内质网（RER）上的三种氧化酶（脯氨酰-4-羟化酶，prolyl-4-hydroxylase，脯氨酰-3-羟化酶和赖氨酰羟化酶，lysylhydroxylase）负责特定脯氨酸和赖氨酸残基的羟化。脯氨酰-4-羟化酶只羟化-Gly-x-pro-，脯氨酰-3-羟化酶羟化Gly-pro-4-Hyp（Hyp,hydroxyproline），赖氨酸羟化酶只作用于-Gly-X-lys-，胶原蛋的脯氨酸残基和赖氨酸残基羟化需要Vc，饮食中Vc不足时就易患坏血症（血管脆弱，伤口难愈），原因就是胶原纤维的结构不力（weak collagen fiber structure）。
磷酸化蛋白磷酸化参与代谢调控和信号转导以及蛋白与蛋白之间的相互作用。例如，PDGF受体的酪氨酸残基经过自身磷酸化后才与细胞质定位蛋白质结合。
亲脂修饰蛋白质亲脂修饰后可以改变膜结合能力和特定的蛋白与蛋白之间的相互作用。最常见的亲脂修饰是酰化和异戊二烯化。尽管豆蔻酸在真核细胞中很罕见，但是豆蔻酰化却是最常见的酰化形式之一。N-豆蔻酰化（豆蔻酸以酰酰氨键形式共价连在肽链N端的残基上）能增加特定G蛋白的α 亚基对膜结合的β、γ亚基的亲和力。
甲基化通过甲基转移酶进行。天冬氨酸的甲基化能促进已破坏蛋白的修复或降解，在2，3-二磷酸核酮糖羧化酶（rihilose-2,3-biosphosphate carboxylase）、钙调蛋白（calmodulin）、组氨酸（histone）、某些核糖体蛋白和细胞色素C中都有甲基化的赖氨酸残基。其它可甲基化的氨基酸残基还有His（如组蛋白、视紫红质、eEF-2）、Arg（如休克蛋白、核糖体蛋白）。
二硫键形成二硫键通常只发现于分泌蛋白（如胰岛素）和某些膜蛋白中，在细胞质中由于有各种还原性物质（如谷胱甘肽glutathione和硫氧还蛋白thioredoxin）所以细胞质蛋白没有二硫键。因为内质网腔是一个非还原性环境，所以粗糙内质网上的新生肽只暂时形成二硫键。当新生肽进入内质网腔时，一些肽链可能会按氨基酸次序依次暂时形成二硫键，但最终会通过交换二硫键位置的形式形成正确的结构，内质网中可能还有一种二硫键异构酶（disulfide isomerase）催化该过程。
真核生物的翻译调控真核的翻译调控非常复杂，总结起来有以下几个方面：
mRNA向细胞质的运输核膜创造的转录与翻译的隔离为基因的表达提供了一个重要的调控机会。mRNA的加工（内含子切除）、mRNA向细胞质的运输都是调控位点，mRNA向细胞质的运输是一个受到严格控制的过程，并且它至少需要mRNA5’端的帽子和3’端的poly A尾巴。
mRNA的稳定性
mRNA 的半衰期从20分钟到24小时。在mRNA上有一些去稳定序列（destablization sequence）,它们的二级结构是核酸酶的底物，也有些稳定序列（stablization sequence）。特定蛋白与mRNA上特定序列的结合能影响它的稳定性，3’端的腺苷化核去腺苷化会影响它的稳定性核翻译活性。在核中，mRNA被加工后运输到细胞质时含有100~200个polyA尾巴，当polyA缩减到30个以下时整个mRNA就会被降解。在特定条件下polyA能被选择型地延长或缩短。
翻译的负调控一些阻遏蛋白能结合在特定mRNA的5’端阻止翻译的进行，如铁蛋白的合成。铁蛋白是储铁的蛋白，主要发现于肝细胞中。铁蛋白mRNA上有铁应答元件（IRE），阻遏蛋白可以结合在上边，当细胞中铁浓度高时，那么大量的铁原子就结合到阻遏蛋白上，使它从IRE上解离，铁蛋白mRNA就可以被翻译。
起始因子磷酸化。
当遭遇热休克、病毒感染、生长因子缺乏等逆境时，真核细胞eIF-2就发生磷酸化，大部分蛋白质的合成降低，而一些hsp核其它蛋白的翻译增强，以应付热休克和其他胁迫条件，但其机理还不清楚。
translational frameshifting
一些mRNA似乎含有结构信息，在阅读框内可以从+1或-1出开始阅读，结果翻译出两条或多条多肽。这种情况常见于被反转录病毒翻然的细胞内。
(6) 真核生物双功能 mRNA
极少数真核mRNA 上，可能从两个不同AUG起始合成蛋白质。若两个AUG属于同一阅读框，则形成两个长短不同的蛋白质，其中有部分多肽完全相同。若两个AUG处于不同的阅读框中，则合成两个序列完全不同的蛋白质。一条mRNA可合成两种蛋白质，称双功能mRNA。
(7) 只有最后一个终止密码子的多基因mRNA的翻译真核生物的泛素蛋白基因。酵母有5个泛素基因，重复组成基因簇。人类有9个。每个基因编码76个a.a的泛素。泛素羧端水解酶可识别泛素的空间构象，当翻译进行到一个单位出来后，泛素的控间构象形成，这种酶可切下泛素单位。
蛋白质合成后的定向转运由于真核细胞的结构和功能很复杂，所以蛋白质合成后的定向转运（targeting,translocation）的机制也很复杂，转运的研究是从分泌蛋白开始的。现在比较清楚的有两种机制：转录本的区隔化（transcript localization）和信号肽机制。
转录本的区隔化细胞质中蛋白质的分布是不对称的，如果蝇卵中的bicoid（对果蝇发育中的基因表达起调控作用），果蝇头部的正常发育（如头节）需要卵头部（anterior）高浓度的bicoid，卵尾部低浓度的bicoid促进果蝇尾部的发育。将第一个卵的尾部细胞质取出并替掉第二个卵的头部，那么由受体卵发育出的幼虫就有两个尾部。现在认为细胞质中蛋白质的梯度是由转录本的取隔化造成的。所谓转录本的区隔化就是特定mRNA与细胞质中特定位点的受体结合。bicoid mRNA是从附近的nurse 细胞进入正发育的卵母细胞中，一旦进入卵母细胞，bicoid mRNA通过其3’端与顶部细胞骨架的特定组分结合。当成熟的卵发育时，bicoid mRNA的翻译（与bicoid蛋白的扩散偶连）就造成了bicoid蛋白的浓度梯度。
现在看来多肽的转运有两种机制：（1）翻译转运同步机制（共转译，cotranslational transfer）。分泌蛋白、质膜蛋白、溶酶体蛋白、内质网和高尔基体滞留蛋白，首先在游离核糖体上合成含信号肽的部分肽段后就结合到内质网上，然后边合成边进入内质网腔，经初步加工和修饰后，部分多肽以芽泡形式被运往高尔基体，再经进一步的加工和修饰后被运往质膜、溶酶体或被分泌到胞外。（2）翻译后转运机制（posttranslational translocation）。叶绿体蛋白和线粒体蛋白是在细胞质游离核糖体上被完全合成后通过新生肽的信号序列（引导肽Leader peptide）直接运往目的地并被加工。
信号肽,翻译转运同步机制信号肽是Gunter Blobel1975年提出的，用以解释多肽向内质网的跨膜转运。
含信号肽的多肽进入内质网的过程：当包含信号肽的多肽被合成一部分时，信号肽识别体（SRP）就识别信号肽并结合到核糖体上，翻译暂时停止，SRP与内质网膜上的受体（停泊蛋白，docking protein）结合，核糖体与内质网结合，SRP离开，延伸的肽链通过内质网上的肽移位装置（translocon）进入内质网，信号肽被切除。
新生肽的命运就取决于信号肽和其他的信号序列。对于分泌蛋白来说，跨膜转运后要切除N端信号肽，多肽进入内质网腔，此后还要在高尔基体进行下一步的修饰加工。跨膜蛋白转运的起始阶段与分泌蛋白类似，N端的信号肽作为起始信号结合在膜上，多肽链的其余部分线形穿过膜。单跨膜蛋白（single pass membrane protein）有一个终止转运信号（stop transfer signal）,它阻止后续肽段的继续穿膜（图18.14B），多跨膜蛋白有一系列交替出现的起始和终止信号（图18.14C）。
被转运到内质网中的多肽多数还要运往它处。经过初步的翻译后修饰，可溶性蛋白和膜结合蛋白被运输到高尔基体，这种运输是经过运输泡进行的（图18.15），滞留内质网中的蛋白有滞留信号，在许多脊椎动物中它是C端的四肽：Lys-Asp-Glu-Leu（简称KDEL）。
在高尔基体中，多肽进一步被修饰，如N-糖苷键型寡糖链进一步被处理，特定Ser和Thr残基进行O-糖苷键型糖基化修饰。溶酶体蛋白添加一个6-磷酸甘露糖残基后被运往溶酶体。现在还不清楚下一步有什么信号指导分泌蛋白运往细胞表面（经过胞外分泌，exocytosis），什么信号指导质膜蛋白的运输，有人提出一种默认机制（缺省机制，default mechanism）：在缺失指导信号的情况下的一个特定的顺序事件。
信号肽：P412
信号识别体：P412
翻译后转运机制（posttranslational translocation）
线粒体和叶绿体蛋白是在细胞质游离核糖体上完全合成后运输来的，同样，这种运输也需要信号序列。
图18.16是细胞色素C1向线粒体的运输。
细胞色素C1合成要被转运到线粒体的内膜空间（它是ETC 复合物Ⅲ的一个组分），细胞色素C1的转运需要两个序列（N端），第一个指导它运往线粒体基后质被切除，第二个指导它运往内膜空间后被切除，细胞色素C1肽链折叠并结合一个血红素辅基后与内膜上的复合物Ⅲ结合。
问题：质体蓝素（plastocyanin）是一种在叶绿体光合作用中作为电子传递体的含铜蛋白，定位于类囊体腔，和类囊体膜的内表面相连，它的转运需要N端的两段转运信号，假设其转运与线粒体相似，那么它是如何被转运的呢？
转膜机制蛋白质的折叠蛋白质的一级结构和它的三维构象以及生物功能的直接关系一直是现代生物化学研究的重点。这方面的一个重要的经典的范例是Christuian Anfinsen 在1950年后期做的一系列实验（1972年获得诺贝尔化学奖）。
图18.17
变性的牛胰RNase在适当的条件下能重新折叠成天然的生物活性的状态。这暗示如果多肽的aa的物理、化学性质以及驱动折叠过程的力（如键的旋转、自由能氨基酸在多水环境中的特性）都已知的情况下应该可以预测一个蛋白的三维结构，然而尽管用尽各种先进的技术，进展仍然缓慢。总的说来，蛋白质的折叠是一个楼梯式的（stepwise）过程，在这个过程中，二级结构的形成是早期的特征，疏水作用似乎是很重要的驱动力。因为表面氨基酸残基的替代很少影响蛋白质的结构和构象，相反，疏水核中氨基酸残基的替代常常导致严重的结构变化。
传统的蛋白质折叠模式（仅仅靠氨基酸残基侧链之间的相互作用驱使蛋白质折叠成最终的形式）有很大的不可解释性：
（1）时间性。
蛋白质的合成通常只需要几秒到几分钟，如果一个新生肽要尝试完各种可能的构象直到最稳定的构象，那么计算一下每个键旋转到最终的生物活性形式所用的时间至少要用年来衡量，甚至是一个天文数字。
（2）复杂性如果基于物理数据（如键角、旋转的角度）来折叠，那么要计算折叠的数学模型显然太复杂了，在这么短的时间内完成这么快、这么精巧的一个过程似乎不可能。
近年来，已经确定，生活细胞中蛋白质的折叠和转运是在分子伴侣的帮助下进行的。其中大部分是hsp。它存在于所有的 生物中，从细菌到高等动植物已发现了几种类型的分子伴侣。此外，它们还存在于原核性质的细胞器中，如线粒体、叶绿体和内质网。到目前为止发现所有的分子伴侣在序列同源性上都很高。
图18.18
分子伴侣在蛋白折叠方面的作用表现在两方面：
（1）从多肽开始合成到折叠的这段时间里，分子伴侣可以保护多肽链不受其他蛋白的攻击，一些线粒体和叶绿体蛋白在插入细胞器膜之前必须保持未折叠状态。
（2）帮助蛋白质正确快速地折叠或组装成多亚基蛋白。
在蛋白质折叠中有两类分子伴侣：
（1）Hsp70s。
Hsp70s是在折叠的早期阶段起作用的分子伴侣家族。大量的Hsp70s。大量的Hsp70s单体结合在未折叠的疏水的正延伸肽段上。每一个Hsp70s有两个结合位点：未折叠多肽结合位点和ATP结合位点。多肽从Hsp70s上释放需要能量。内质网的Hsp70s还是多肽跨膜转运所必须的。
（2）Hsp60s。
一旦未折叠的多肽从Hsp70s上被释放，它就结合到一些Hsp60s上（也称chaparonins,cpn60s）。Hsp60s形成一个巨大的桶状结构，它有两个盖，位折叠蛋白进入桶中，Hsp60s帮助它形成正确的结构。
分子伴侣还能帮助因各种胁迫而部分去折叠蛋白的重新折叠，如果不能重新折叠的话，分子伴侣就促进它的降解。
本章要点
mRNA上密码子与tRNA上反密码子的碱基配对是遗传信息翻译的基本机制。
翻译包括三个阶段：起始、延伸、终止。每个阶段都有相应的翻译因子的参与。
蛋白质合成后还要一系列的翻译后修饰、折叠和定向转运。
翻译后修饰包括切除、共价修饰、插入辅因子。
真核与原核的翻译后调控不同，原核有SD序列调控和翻译的自身负调控，真核较复。
蛋白质的折叠可以发生在肽链合成中或合成后，它是在分子伴侣的作用下进行。
本章问题不同生物间rRNA和核糖体蛋白的三维结构极其相似，为什么？
遗传密码的特性怎样理解氨酰tRNA合成酶的作用是第二遗传密码？
叙述发生在氨酰tRNA合成酶上的两个反映氨酰tRNA合成酶有时也会出错，它是如何检测和校正的？
叙述蛋白质合成三个阶段的主要事件翻译因子在原核和真核的翻译过程中个起什么功能？
写出下列多肽的密码子，有几种可能？
判断下列过程发生在蛋白质合成的哪个阶段/
A核糖体亚基与mRNA结合
B多肽被正确合成
C核糖体沿着mRNA移动
D核糖体解离成亚基估计一下合成200个AA需要多少个ATP和GTP？
翻译因子中GTP的作用原核和真核翻译的主要区别举例说明翻译后修饰的意义
SD序列和30S亚基的配对为原核提供了识别起始密码子和Met密码子的机制，那么真核如何办呢？
每一个延伸循环的三步反应原核与真核翻译调控的主要区别描述SRP的结构和功能描述translocon在共翻译转运中的作用
mRNA的结构如何影响翻译的调控假设一个典型的分泌蛋白要被分泌到胞外，描述一下细胞内的加工过程。
要用一个多肽的一级结构来预测它的高级结构，主要的困难和问题在那里？
叙述分子伴侣在蛋白质折叠中的作用。
多核糖体：
一条mRNA上同时有多个核糖体与之结合，它们以不同进度进行多肽连的合成。
24 遗传密码如何编码？有那些特点？
mRNA上每三个相邻的核苷酸编成一个密码子，代表肽链合成种的某种氨基酸或合成的起始和终止信号，4种核苷酸共组成64种密码子。
特点：①方向性；编码方向：mRNA的5’到3’②连续性：密码子之间连续排列，即无间隔也无重叠。③兼并性：除了Met、Trp只有一个密码子之外，其余每种氨基酸都有2~6个密码子④摆动性：在密码子与反密码子相互识别的过程种，密码子的第一个核苷酸起决定性的作用，第二个尤其是第三个核苷酸能在一定的范围内进行变动。⑤通用性：不同生物功用一套密码。
25 保证准确翻译的关键是什么？
①氨基酸与tRNA的特异性结合依靠氨酰tRNA合成酶的特异识别作用。②密码子与反密码子特异结合，依靠互补碱基配对结合实现，也有赖于核糖体的构象正常而实现正常的装配功能。
第一节 mRNA
一、 原核生物mRNA的结构二、 真核生物mRNA的结构第二节 遗传密码一、 遗传密码的破译二、 遗传密码的特点第三节 核糖体一、 核糖体的结构与组成二、 rRNA与核糖体蛋白的结构与功能
(一)、 rRNA的结构与功能
(二)、 核糖体蛋白的结构与功能第四节 蛋白质合成的机理一、 氨酰tRNA合成酶：氨基酸的活化和氨酰tRNA的合成
(一)、 活化
(二)、 连接二、 蛋白质合成的一般过程
(一)、 翻译起始
(二)、 延伸
(三)、 终止
(四)、 翻译后加工三、 原核生物的蛋白质合成
(一)、 翻译起始
(二)、 延伸
1、 新氨酰tRNA入位
2、 肽键形成（转肽）
3、 核糖体移位。
(三)、 终止
(四)、 原核生物的翻译后加工
1、 切除加工
2、 糖基化
3、 甲基化
4、 磷酸化
(五)、 原核生物的翻译调控四、 真核生物的蛋白质合成
(一)、 翻译起始
(二)、 延伸
1、 入位
2、 肽键形成（转肽）
3、 移位
(三)、 终止
(四)、 真核生物的翻译后加工
1、 切除加工
2、 糖基化
3、 羟基化
4、 磷酸化
5、 亲脂修饰
6、 甲基化
7、 二硫键形成
(五)、 真核生物的翻译调控
1、 mRNA向细胞质的运输
2、 mRNA的稳定性
3、 翻译的负调控
4、 起始因子磷酸化。
5、 translational frameshifting
五、 蛋白质合成后的定向转运
(一)、 信号肽,翻译转运同步机制
(二)、 翻译后转运机制（posttranslational translocation）
六、 蛋白质的折叠
对于终产物为RNA的基因，只要进行转录及转录后的处理，就完成了基因表达的全过程。而对于终产物是蛋白质的基因，还必须将mRNA翻译成蛋白质。
因此，蛋白质是基因表达的最终产物（基因表达的最终产物还包括tRNA、rRNA及其他RNA），蛋白质的生物合成过程实质上也是基因表达的一个过程，它包括转录和翻译。从化学的角度讲，蛋白质的合成就是20种基酸按照特定地顺序聚合成多肽并按照一定的折叠机制折叠成最终的活性构象状态。那么，我们要问，在生物体内是谁直接决定着蛋白质合成的氨基酸顺序从而最终主宰了它的高级结构和功能的呢？mRNA。
根据中心法则，DNA特定的碱基次序A、T、G、C就象一串密码（称为遗传密码），首先经过转录作用，DNA的A、T、G、C碱基序列严格按照碱基配对原则被复制成mRNA的A、U、G、C序列，于是mRNA就直接充当了蛋白质合成的模板，mRNA的A、U、G、C序列被转变成蛋白质的氨基酸序列，这种转变是一个质的飞跃，称为翻译，就好象把一种语言（碱基序列）翻译成另一种语言（氨基酸序列）。
那么在翻译过程中就有两个关键性地问题：（1）遗传密码（碱基序列）到底是怎样决定氨基酸序列的呢？也就是说什么样的碱基序列决定什么样的氨基酸序列呢？（2）通过什么样的方式或机制实现碱基序列到氨基酸序列的转变？因为氨基酸不能与碱基配对，因此一个碱基序列显然不能象转录一样简单地直接转换成氨基酸序列，而必须通过一种中间分子（又称接头分子）的媒介作用来实现，而且这种接头分子要能同时识别碱基序列和它所决定的氨基酸序列。这种接头就是tRNA分子。
需要指出的是蛋白质的合成是一个复杂的过程，包括翻译、翻译后加工和定向输送以及正确折叠，而且到现在为止，其中的许多重要方面仍在研究之中。
真核生物蛋白质的合成，需要300多种生物大分子协同工作：核糖体RNA及结合蛋白、各种酶、各种tRNA、加工修饰酶等。
蛋白质合成的场所：标记各种a.a，注入大鼠体内，在不同时间取出肝脏，匀浆，离心分离各种亚细胞器，分析放射性蛋白的分布，证实蛋白质的合成是在核糖体上进行的。
首先认识一下mRNA、遗传密码、和核糖体，然后再深入学习蛋白质合成的细节过程。
mRNA
mRNA的概念首先是由F.Jacob和J.Monod1965年提出来的．因为当时已经知道编码蛋白质的遗传信息载体ＤＮＡ是在细胞核中，而蛋白质的合成是在细胞质中，于是就推测，应该有一种中间信使在细胞核中合成后携带上遗传信息进入细胞质中指导蛋白质的合成，后来经过众多科学家的实验，发现了除rRNA和tRNA之外的第三种RNA,它起着这种遗传信息传送的功能,称为信使RNA(mRNA)。mRNA的半衰期很短,很不稳定,一旦完成其使命后很快就被水解掉。
原核生物和真核生物mRNA的结构差异教大，尤其是在5’端。
原核生物mRNA的结构
5’端SD序列
P404-P405
在起始密码子AUG上游9-13个核苷酸处，有一段可与核糖体16S rRNA配对结合的、富含嘌呤的3-9个核苷酸的共同序列，一般为AGGA，此序列称SD序列。它与核糖体小亚基内16S rRNA的3’端一段富含嘧啶的序列 GAUCACCUCCUUA-OH（暂称反SD序列）互补，形成氢键。使得结合于30S亚基上的起始tRNA能正确地定位于mRNA的起始密码子AUG。
原核mRNA分子，许多是多顺反子。
转译时，各个基因都有自己的SD序列、起始密码子、终止密码子，分别控制其合成的起始与终止，也就是说，每个基因的翻译都是相对独立的。如E.coli，一个7000b的mRNA编码5种与Trp合成有关的酶真核生物mRNA的结构真核生物mRNA5’端均具有m7GpppN帽子结构，无SD序列。
帽子结构具有增强翻译效率的作用。若起始AUG与帽子结构间的距离太近（小于12个核苷酸），就不能有效利用这个AUG，会从下游适当的AUG起始翻译。当距离在17-80个核苷酸之间时，离体翻译效率与距离成正比。
真核生物mRNA通常是单顺反子。
真核mRNA具有“第一AUG规律”，即当5’端具有数个AUG时，其中只有一个AUG为主要开放阅读框架的翻译起点。起始AUG具有二个特点：
（1）AUG上游的 -3经常是嘌呤，尤其是A。
（2）紧跟AUG的 +4常常是G。
起始AUG邻近序列中，以ANNAUGGN的频率最高。若-3不是A，则+4必须是G。无此规律的AUG，则无起始功能。
有关mRNA发现及其证实的细节看书P391.
遗传密码我们已经知道,多肽上氨基酸的排列次序最终是由DNA上核苷酸的排列次序决定的，而直接决定多肽上氨基酸次序的是mRNA上的核苷酸的排列次序,不论是DNA还是mRNA都是由4种核苷酸构成，而组成多肽的氨基酸有20种,显然,必须是几个核苷酸的组合编码一个氨基酸才能应付局面.用数学方法很容易算出,如果每2个核苷酸编码1个氨基酸,那么4种核苷酸只有16中编码方式，显然不行,如果每3个核苷酸编码1个氨基酸,则有64种编码方式,很理想,如果4对1则有256种,太没必要也太复杂了,时刻记住生物体是一个最理想的体系.而且科学家们用生物化学实验已经证实是3个碱基编码1个氨基酸,称为三联体密码或密码子。那么让我们看一下遗传密码是如何破译的。
遗传密码的破译在遗传密码的破译中,美国科学家M.W.Nirenberg等人做出了重要贡献,并于1968年获得了诺贝尔生理医学奖.
早在1961年，M.W.Nirenberg等人在大肠杆菌的无细胞体系中外加poly(U)模板、20种标记的氨基酸，经保温后得到了多聚phe-phe-phe，于是推测UUU编码phe。利用同样的方法得到CCC编码pro，GGG编码gly，AAA编码lys。
如果利用poly（UC），则得到多聚Ser-Leu-Ser-Leu，推测UCU编码Ser，CUC编码Leu，因为poly（UC）有两种读码方式：UCU——CUC和CUC——UCU
采用这种方式，到1965年就全部破译了64组密码子，见表P394。
遗传密码的特点在64个密码子中有61个编码氨基酸，3个不编码任何氨基酸而起肽链合成的终止作用，称为终止密码子，它们是UAG、UAA、UGA，密码子AUG（编码Met）又称起始密码子。
密码子：mRNA上由三个相邻的核苷酸组成一个密码子，代表肽链合成中的某种氨基酸或合成的起始与终止信号。
（1）方向性：从mRNA的5’到3’
（2）连读性编码一个肽链的所有密码子是一个接着一个地线形排列，密码子之间既不重叠也不间隔，从起始密码子到终止密码子构成一个完整的读码框架（不包括终止子），又称开放阅读框架（ORF）。那么如果在阅读框中插入或删除一个碱基就会使其后的读码发生移位性错误（称为移码）。
需要指出的是，两个基因之间或两个ORF之间可能会互相部分重叠（共用部分序列）。
（3）简并性几种密码子编码一种氨基酸的现象称为密码子的简并性。如GGN（GGA、GGU、GGG、GGC）都编码Gly，那么这4种密码子就称为Gly的简并密码。只有Met和Trp没有简并密码。一般情况下密码子的简并性只涉及第三位碱基。
问题：简并性的生物学意义？
A、可以降低由于遗传密码突变造成的灾难性后果试想，如果每种氨基酸只有一个密码子，那么剩下的44个密码子都了终止子，如果一旦哪个氨基酸的密码子发生了单碱基的点突变，那么极有可能造成肽链合成的过早终止。如GUU编码Ala，由于简并性的存在，不论第三位的U变成什么，都仍然编码Ala
B、可以使 DNA上的碱基组成有较达的变化余地，而仍然保持多肽上氨基酸序列不变（意思基本同上）。
（4）摇摆性
密码子中第三位碱基与反密码子第一位碱基的配对有时不一定完全遵循A-U、G-C的原则，也就是说密码子的碱基配对只有第一、二位是严谨的，第三位严谨度低，Crick把这种情况称为摇摆性，有人也称摆动配对或不稳定配对。显然，密码子的第三位和反密码子的第一位是摇摆位点。
具体说来，反密码子第一位的G可以与密码子第三位的C、U配对，U可以与A、G配对，另外反密码子中还经常出现罕见的I，可以和密码子的U、C、A配对，这使得该类反密码子的阅读能力更强。见表P396
问题：细胞内有几种tRNA？
当遗传密码破译后，由于有61个密码子编码氨基酸，于是人们预测细胞内有61种，但事实上绝大多数细胞内只有50种左右，Crick也正是在这种情况下提出了摇摆假说并合理解释了这种情况。
根据摇摆性和61个密码子，经过仔细计算，要翻译61个密码子至少需要31种tRNA，外加1个起始tRNA，共需32种。但是，在叶绿体和线粒体内，由于基因组很小用到的密码子少，那么，叶绿体内就有30种左右tRNAs，线粒体只有24种。
（5）通用性：密码子在不同物种间几乎是完全通用的。
目前只发现线粒体和叶绿体内有列外情况，这也是如火如荼的转基因的前提。但要注意的是不同生物往往偏爱某一种密码子。
核糖体核糖体又称核蛋白体，它是蛋白质合成的场所：标记各种a.a，注入大鼠体内，在不同时间取出肝脏，匀浆，离心分离各种亚细胞器，分析放射性蛋白的分布，证实蛋白质的合成是在核糖体上进行的。对于真核细胞来说，核糖体按其在细胞质中的位置分为游离核糖体（合成细胞质蛋白）和内质网核糖体（合成分泌蛋白和细胞器蛋白）。
不论原核细胞还是真核细胞，一条mRNA可以被同时几个核糖体阅读，把同时结合并翻译同一条mRNA的多个核糖体称为多核糖体。
核糖体的结构与组成核糖体是由核糖核酸（称为核糖体核酸,rRNA）和几十种蛋白质分子（核糖体蛋白）组成的一个巨大的复合体。不同类型生物中核糖体的结构高度保守，尽管其rRNA和核糖体蛋白的一级结构有所不同，但其三级结构却惊人的相似。
核糖体的大亚基上有两个重要的位点：P位点是结合肽酰tRNA的肽酰基的位点，A位点是结合氨酰tRNA的氨酰基的位点。
每个核糖体是由大小两个亚基组成，每个亚基都有自己不同的rRNA和蛋白质分子，表P307
rRNA与核糖体蛋白的结构与功能
rRNA的结构与功能结构：有大量的茎环（发夹）结构，结构复杂，可能是核糖体的钢筋骨架。
功能：
（1）蛋白质合成的施工平台（骨架）
（2）催化肽键形成的转移酶活性存在于23SrRNA上有人小心的去掉细菌核糖体的蛋白质组分，保持rRNA的相对完整性，发现蛋白质的合成仍可进行。
（3）参与tRNA与mRNA的结合可能的情况是：mRNA先识别rRNA的特定序列并结合固定下来,然后tRNA再识别并固定到rRNA特定的部位，其反密码子才与mRNA密码子配对。已经知道16SrRNA上有一段序列与原核mRNA上的SD序列相结合。
（4）在大小亚基的聚合中起重要作用
（5）在翻译的校正和翻译的调控方面有重要功能（如可结合调控因子）
总的来说，RNA分子似乎是整个核糖体的活跃的活性中心。
核糖体蛋白的结构与功能结构：大多数核糖体蛋白呈纤维状（可能起骨架作用），少数呈球状（可能起生物功能）。
功能：
(1)维持核糖体的结构
(2)新发现：一些核糖体蛋白具有DNA结（Heilix—turn—Heilix模块）；还有些真核核糖体蛋白具有DNA修复功能问题：
既然蛋白质是在核糖体中合成的，那么第一个核糖体中的蛋白组分又是怎样合成的？第一个核糖体又是怎样出现的？
先有DNA还是先有蛋白质？
大多数科学家越来越支持RNA起源论，既然核糖体中既有蛋白质又有RNA，那么彻底搞清楚核糖体的结构与功能及其起源也许会弄清生命的起源和演化。
RNA起源论：
第一个生活细胞里出现的是RNA分子，他同时具有信息储藏和生物演化的双重特性，也就是说既可以在一定程度上复制自己，又可以催化一些最初的生化反应，后来，随着活细胞的进化，DNA逐渐出现并成为更为稳定的遗传信息储存分子。
蛋白质合成的机理真核生物和原核生物在蛋白质合成方面有许多共同之处，因此，我们先学习蛋白质合成的一般过程，然后分别看一下原核和真核蛋白质合成的具体过程。
游离氨基酸在掺入肽链以前必须活化以获得额外的能量，每一种游离氨基酸首须在专一的氨酰tRNA合成酶的帮助下与专一的tRNA相连（有人称装载，LOAD），然后由tRNA负责将它带到核糖体上的特定位点（A位点上）并添加到正在合成的肽链C末端，这种从游离氨基酸到形成氨酰tRNA的过程既是氨基酸的活化过程，也是肽链每合成一步或延伸一步的必经准备阶段。下边我们先看一下这个过程是怎样完成的？
氨酰tRNA合成酶：氨基酸的活化和氨酰tRNA的合成基酸的活化和氨酰tRNA的合成是蛋白质生物合成的第一步，由氨酰tRNA合成酶催化。氨酰tRNA合成酶既能识别氨基酸，又能识别tRNA。
活化在Mg2+的存在下，氨酰tRNA合成酶首先识别并结合专一的配体氨基酸，然后氨基酸的羧基与细胞环境中的ATP发生反应形成一个酸酐型的高能复合物（氨酰AMP中间复合物）。该中间复合物暂时结合在酶上。
氨基酸 + ATP 氨酰AMP-酶 + PPI
连接由于氨酰tRNA合成酶上还存在专一的tRNA识别位点，因此特定的游离tRNA就会识别并结合到氨酰AMP-酶复合物的活性部位，此时氨基酸就会被转移到tRNA的3端，其羧基与tRNA 3端的自由-OH形成氨酰酯键，从而形成氨酰tRNA，这也是一个高能化合物，其能量足以形成肽键。由于氨酰tRNA能量低于氨酰AMP，所以这一过程是可以自发的。
氨酰AMP-酶 氨酰tRNA + AMP + 酶
氨基酸一旦与tRNA形成氨酰tRNA后进一步的去向就由tRNA来决定了，tRNA凭借自身的反密码子与mRNA上的密码子相识别，从而把所携带的氨基酸送到肽链的 一定位置上。每一个密码子对应的肽链位置上都能掺入正确的氨基酸。
结论：
（1）氨基酸的活化和氨酰tRNA的合成是蛋白质生物合成的第一步，每一种氨基酸在被掺入肽链之前都首先被活化和连接在专一tRNA上，活化和连接都发生在氨基酸的羧基上。
（2）载体tRNA凭借自身的反密码子与mRNA上的密码子相识别而把所携带的氨基酸送到肽链的一定位置上
（3）遗传信息是通过mRNA上的密码子与tRNA上的反密码子间碱基配对作用翻译出来的 。
氨酰tRNA合成酶：
每一种氨基酸都有至少一种专一的氨酰tRNA合成酶，它即能识别氨基酸，又能识别tRNA，从而把特定的氨基酸连到对应的tRNA上，有人也把氨酰tRNA合成酶的双向识别功能称为第二遗传密码。
不同的氨酰tRNA合成酶在分子量、氨基酸序列、亚基组成上差异较大。它是如何识别氨基酸的呢？仍不甚清楚。一些氨基酸由于结构上的显著特征容易识别如大小不同（Trp与Gly），带正负电荷（lys,asp），而一些氨基酸结构极其相似，如Ile 与Val 仅差一个甲基。尽管如此tRNAIle合成酶也能正确识别，但有时也能错误的形成Val –tRNAIle，但是每一种氨酰-tRNA合成酶都有一个校正位点，由于大小原因，只有Val –tRNAIle才能结合到校正位点，然后合成酶将Val又从tRNAIle上将其水解下来。
氨酰-tRNA合成酶还能正确的识别和结合tRNA，对于一些酶来说，tRNA上的反密码子是其识别特征，此外，tRNA上的受体茎环（acceptor stem）也是识别特征。
tRNA分子的突变与校正基因可以说tRNA是一个万能接头：
（1）对氨酰- tRNA合成酶的识别位点（接头合成酶）
（2）3端-CCA上的氨基酸运载位点（接头氨基酸，装载）
（3）对核糖体的识别位点（将氨基酸运送到目的地）
（4）反密码子位点（接头MRNA，验货并卸载）
同复突变：突变型生物有时重所获得其原有的性状，这是通过突变型遗传物质的化学变化而发生的。这种变化使遗传物质恢复到有功能的状态，重所获得原有的表型，这种过程称为回复，被回复的生物称为回复子。
回复突变的原因很多，其中有一种回复突变是由其在基因上发生一个突变引起的，这称为基因校正突变。大多数较正突变发生在tRNA基因上。
举例：基因间校正突变图当有某种tRNA突变分子出现时，必定还有可以识别正常密码子的该种tRNA存在。
蛋白质合成的一般过程蛋白质合成的一般过程如图18.3，
可以分为三个阶段：起始、延伸、终止，分别由不同的起始因子、延伸因子和终止因子（释放因子）参与。
翻译起始
（1）小亚基与mRNA结合
（2）起始氨酰tRNA进入P位点，它的反密码子与mRNA上的起始密码子AUG碱基配对。
（3）大亚基与小亚基结合形成起始复合物。
延伸
方向：mRNA 5/ 3/
新生肽,N/ C/
（1）就位：第二个氨酰tRNA通过密码子—反密码子的配对作用进入核糖体的A位点（氨基位点）。
（2）转肽：在大亚基上肽酰转移酶（peptidyl transferase）的作用下，A位点氨基酸的A-氨基亲核攻击P位点氨基酸的羧基基团并形成肽键，结果两个氨基酸均连到了A位点的tRNA上，该过程称为转肽作用（transpeptidation），此时，P位点上卸载的tRNA从核糖体上离开。
（3）移位（translocation，也可称转位）：核糖体沿着mRNA移动1个密码子位置，携带肽链的tRNA转位到P位点，A位点空出以便接纳下一个氨基酸。
终止由于终止密码子不能结合任何氨酰tRNA，于是肽链合成的终止因子（又称释放因子）识别并结合到终止密码子上，接着肽转移酶的酯化酶功能转变成水解功能，将肽链从P位点tRNA上水解掉，核糖体释放掉mRNA并解体成大小亚基，翻译结束。
在翻译过程中除了核糖体大小亚基,mRNA和氨酰tRNA外，还需要GTP和许多蛋白辅助因子。这些辅助因子有的起催化作用，有的起改变和稳定构象作用。
翻译后加工不论原核生物还是真核生物，翻译完成后，一些肽链能直接折叠成最终的活性形式，不需要加工修饰，然而经常的情况是新生肽链需要加工修饰（称为翻译后加工或修饰）包括：（1）切除部分肽段（蛋白酶）、（2）在特定氨基酸残基的侧链上添加一些基团（共价修饰）、（3）插入辅因子，还有些单肽要聚合成多亚基蛋白。
翻译后加工有两方面目的：
（1）功能需要
（2）定向转运的需要（这在真核生物中尤为复杂，合成的蛋白要定向运输到细胞质、质膜、各种细胞器如叶绿体、线粒体、溶酶体、过氧化物酶体等）。
尽管原核生物与真核生物在蛋白质合成方面有许多相似之处，但也存在差异，这些差异正是一些抗生素治疗和研究应用的基础。见表18.2
表18.2 蛋白质合成的选择性抗生素抑制剂抗生素
作用
氯霉素
与50S亚基结合，抑制原核肽转移酶
cycloheximide
抑制真核肽转移酶活性
Erythromycin
抑制原核肽链延伸
链霉素、卡那霉素
结合到原核30S亚基上引起读妈错误，导致合成的多肽连一级结构改变
Tetracycline
与30S亚基结合，干扰氨酰tRNA的结合
原核生物的蛋白质合成原核生物（大肠杆菌）每秒钟可翻译20个氨基酸，比真核生物快得多，而真核生物每分钟才大约50个氨基酸。
翻译起始
（图18.5）
翻译是从形成起始复合物开始的，在原核生物中该过程需要三个起始因子参与：IF1，IF2，和IF3。（IF1的功能尚不清楚）。
（1）IF3首先结合在30S亚基上，防止它过早地与50S亚基结合。
（2）mRNA结合到30S亚基上。
原核mRNA上在距起始密码子上游约10bp处有一段很短的（约10bp）富含嘌呤的区域称为SD序列，它能与30S亚基上的16S rRNA 3端的一段互补序列（不妨称反SD序列）配对结合，mRNA正是通过其SD序列与16S rRNA的配对结合而使它处于核糖体上的恰当的位置，并使起始密码子AUG处于P位点。SD序列与16S rRNA的配对还为识别起始密码子和Met密码子提供了一种机制。
原核多顺反子mRNA上的每一个基因都有自己的SD序列、起始密码子和终止密码子，每一个基因的翻译都是相对独立的。
（3）IF2,fMet-tRNAfmet结合到30S亚基上
IF2是一个GTP结合蛋白，它先与30S亚基结合并促使起始氨酰tRNA的密码子与mRNA 上的AUG结合（P位点）。原核生物的起始氨酰tRNA是N—甲酰甲硫氨酰tRNA（fMet-tRNAfmet ）。
（4）50S大亚基结合到30S小亚基上，形成起始复合物。
GTP水解成GDP释放的能量引起30S亚基构象变化，50S亚基结合到30S亚基上，同时IF2和IF3释放。
因此，原核生物肽链合成的起始复合体由mRNA、70S核糖体、fMet-tRNAfMet组成。
延伸肽链延伸分三步进行：（1）新的氨酰tRNA进入核糖体的A位点；（2）肽键形成（转肽）；（3）核糖体移位（转位）。这三步构成了肽链延伸的一个循环。
新氨酰tRNA入位图18.6
首先，在进入A位点之前，新氨酰tRNA必须与延伸因子EF—TU—GTP结合。延伸因子EF—TU是一个GTP结合蛋白，参与氨酰RNA的就位。氨酰RNA就位后，EF—TU—GTP水解，EF—TU—GDP从核糖体上释放下来，在第二个延伸因子EF—Ts帮助下EF—Tu—GDP释放掉GDP并重新结合一分子GTP再生成EF—Tu—GTP。
肽键形成（转肽）
肽键是在肽酰转移酶催化下形成的，现在认为肽酰转移酶活性存在于50S亚基23S rRNA上。驱动肽键形成的能量由P位点上的氨基酸与它的tRNA的高能肽酰酯键提供。新肽键形成后P位点卸载的tRNA就离开核糖体。
核糖体移位。
移位需要另一个GTP结合蛋白EF—G（延伸因子Ｇ，又叫移位酶）的参与。现在认为，GTP水解成GDP时释放出的能量促使核糖体构象发生变化，驱动肽酰tRNA从Ａ位点移动到Ｐ位点。空下的Ａ位点等待接纳下一个氨酰tRNA 。
EF—Tu：机动蛋白（motor protein）
多亚基的复合体（如核糖体）就象一个生化机器。它由几个相互作用的工作部件组成。机械性的工作是力与距离的产物。每一个生化机器的设计都能非常准确地保证所施用的力的量、所产生运动的量与方向，最后完成一项特定的工作。其中的力通常由核苷酸结合蛋白提供，称为NTPae，实质上是机动蛋白（motor protein，或称机械化学转换器 mechanochemical transducers ）因为NTP（ATP和GTP）的水解所造成的它自身构象的变化驱动了相连分子的构象向所需的方向转变。这种NTP水解驱动的构象变化主要定位于一个固定化的结构单元（称为开关）。EF—Tu就是一个广泛研究的GTP结合机动蛋白。
EF—Tu有三个结构域（ domain），域１含有一个GTP结合位点和二个开关区，域２通过一个柔软的肽段与域１相连。在结合GTP的活性状态下（ EF-Tu-GTP），EF-TU有一个aa-tRNA结合位点。aa–tRNA与 EF-Tu-GTP结合后的整个结构称为三元复合体。
EF-Tu的三个域都参与tRNA的结合。域３的几个氨基酸残基与tRNA的TφC环相互作用。aa-tRNＡ的反密码子从三元复合物上突出来，以便与mRNA的密码子相互作用。
在蛋白质合成时，EF-Tu-GDP（非活性状态）与EF-Ts相互作用释放出GDP，随后域１的GTP结合位点结合一分子GTP并改变域１的两个开关区的构象，结果使域１与域２靠近，形成１个aa－tRNA结合缝（binding cleft）。一旦一个aa–tRNA结合到该裂缝中，三元复合物就进入核糖体，aa—tRNA的反密码子与Ａ位点上mRNA D的密码子可逆结合，核糖体构象的变化触发EF-Tu 的GTP结合位点的构象变化，随后GTP水解使域１与域２分开，aa–tRNA被释放下来，EF-TU-GDP离开核糖体。
终止当终止密码子（UAA,UAG,UGA）进入Ａ位点时肽链合成就进入终止期。原核生物有三个释放因子（RF-1,RF-2,RF-3）参与终止。
RF1识别UAA和UAG，RF2识别UAA与UGA,RF3作用尚不清楚，可能促进RF1与RF2结合。这种识别过程需要GTP并改变了核糖体的构象，肽酰转移酶的功能发生瞬时变化，转变成酯酶功能，将连接肽链与P位点tRNA的肽酰酯键水解开，肽链从核糖体上释放，mRNA与tRNA解离，核糖体解体。
原核生物蛋白质合成中的能量计算（合成一个二肽）
ATPA（GTP）
高能键
甲酰-甲硫氨酰-tRNA合成
ATP-AMP
2
起始（IF-2）
GTP-GDP
1
第二个a.a-tRNA合成
ATP-AMP
2
第二个a.a-tRNA进入核糖体（EF-TU）
GTP-GDP
1
核糖体移位（EF-G）
GTP-GDP
1
终止（？）
GTP-GDP
1
合成二肽（形成一个肽链）需8个高能键，其后每加一个a.a需4个高能键。
例：合成200个a.a残基的多肽
8+198×4=800
4n=4×200=800
（真核：起始多1个ATP和1个GTP）
原核生物的翻译后加工一些新生肽链从核糖体上释放下来后就直接折叠成最终的三维结构。但多数情况下是新生肽要经过一系列的加工修饰，才具有功能。有关翻译后加工修饰的许多信息都来自真核生物中的研究，但是原核细胞中的多肽也要经过几种类型的共价修饰。
切除加工包括去掉N端的甲酰甲硫氨酸和信号肽序列。信号肽（Signal peptide），也叫引导肽（leader peptide），是决定多肽最终去向的一段序列，通常较短，典型情况下位于N端。在细菌中的一个例子就是多肽要插入细胞质膜必须借助信号肽序列。
糖基化尽管在原核生物中，绝大多数的复合糖是糖酯，但是，也有少量的糖蛋白的报道，例如Halobacterium细胞表面的糖蛋白，有关原核生物糖基化的机制及其功能都还不知道。
甲基化甲基转移酶利用硫酰苷甲硫氨酸对特定蛋白进行甲基化修饰。
在大肠杆菌和有关细菌中发现的一种甲基转移酶能甲基化膜结合的化学受体蛋白的谷氨酸残基。这种甲基转移酶和另外一种甲基酯酶催化的甲基化/去甲基化过程在细菌趋化性的信号转导中起重要作用。
磷酸化近年来，已经发现由蛋白激酶和蛋白磷酸化酶催化的蛋白质磷酸化/去磷酸化在原核生物中十分普遍。磷酸化/去磷酸化的意义还不太清楚。目前只知在细菌趋化性和氮代谢调空中有瞬间的磷酸化作用。
原核生物的翻译调控蛋白质的合成是一个非常耗能的过程。每形成一个肽键要消耗4个高能磷酸键（tRNA装载2个，aa-tRNA入位1个，移位1个）。在大肠杆菌中，用于合成的能量90%都给了蛋白质合成。因此，其合成必然要受到严格的调控。
在原核生物中，蛋白质合成的调控多在转录的水平上（操纵子模型），有如下几个原因：
（1）转录与翻译直接偶联，转录后不久就开始翻译，
图18.7
（2）原核生物mRNA的半衰期很短，大约1~3分钟，随着环境条件的改变，细胞内产生的mRNA种类会迅速改变。大多数mRNA被两种核酸外切酶降解：RNAaseII和多核苷酸磷酸化酶。
除了转录调控机制外，mRNA翻译速率也是调控位点。这种翻译速率的调控大多是由于SD序列的差异造成翻译起始效率的不同。因为SD帮助识别AUG和启动翻译的起始，因此SD序列的变化能影响翻译的起始效率从而调控了mRNA的翻译速率。乳糖操纵子的基因产物有3个：β-半乳糖苷酶，半乳糖透过酶，半乳糖苷转甲基酶，各个顺反子（即基因之间），常有一段非编码的间隔区。不同间隔区的长度变化，可以在1-100个之间，甚至可以重叠。但是它们的翻译量是不等的，硫代半乳糖苷转甲基酶的量只有β-半乳糖苷酶的1/5（硫代半乳糖苷酶的功能不清楚。乳糖发酵通常都是在不能产生它的突变细胞中进行的）。
乳糖将纵子
产物
Z基因产物：半乳糖苷酶
1
Y基因产物：半乳糖透性粉
0.5
A基因产物：半乳糖乙酰化酶
0.2
除了SD序列的差异外，原核生物还有一种调控机制：相对过剩的蛋白质翻译产物对自身多顺贩子mRNA翻译的负调控。也就是说，多顺贩子mRNA的其中一个产物相对过剩时能抑制整个多顺贩子mRNA的翻译。
图18.8
原核核糖体的55种蛋白质由20个操纵子编码。细菌的良好生长要求这些蛋白质的合成之间及其与rRNA的合成之间协调起来。例如PL11操纵子编码核糖体蛋白L1和L11，如果L1相对过剩就会占用了可利用的23SrRNA，结果抑制PL11mRNA的翻译。在23SrRNA缺乏的情况下，L1 蛋白也会结合在PL11mRNA的5’端抑制自身操纵子的翻译。
结论：
（1）原核生物蛋白质的合成相对较快，它需要起始因子IF-1、IF-2、I-3，延伸因子EF-TU、EF-TS、EF-G，释放因子RF-1、RF-2、RF-3的参与。
（2）尽管原核生物基因的表达多在转录水平上进行调控，但翻译水平上的调控也时有发生，包括SD序列对翻译起始的调控和相对过剩的翻译产物对自身多顺反子mRNA翻译的负调控。
真核生物的蛋白质合成蛋白质合成的研究最早是在哺乳动物细胞内进行的（入氨酰tRNA合成酶和tRNA的发现），但到60年代后注意力却集中到了细菌。原因很简单，细菌细胞易于培养，细菌基因的表达较简单也易于操作。进入70年代后，真核细胞的蛋白质合成又变成了研究的热点。
真核细胞的蛋白质翻译需要大量的蛋白因子，翻译后加工和定向输送比原核复杂得多。
翻译起始真核的翻译起始比原核尤为复杂，原因如下：
（1）真核mRNA的二级结构更为多样和复杂
（2）真核mRNA是经过多重加工的，它被转录后首先要经过各种加工才能从细胞核进入细胞质中，并形成各种各样的二级结构。一些mRNA与几种类型的蛋白质结合在一起形成一种复杂的颗粒状，有时称核糖核蛋白粒（ribonucleoprotein particle）,在翻译之前，它的二级结构必须改变，其中的蛋白质必须被去掉。
（3）核糖体需要扫描mRNA以寻找翻译起始位点真核mRNA没有SD序列来帮助识别翻译起点，因此核糖体要扫描每一个mRNA。核糖体结合到mRNA的5’端的帽子结构并向3’端移动一寻找起始位点。这种扫描过程很复杂，知之甚少，
真核的翻译起始用到的起始因子（eIF）至少有9种,多数的功能仍需进步研究。
翻译起始物的形成过程如下：
图18.9
（1）40S小亚基-(eIF-3)结合到(eIF-2-GTP)-Met-tRNAi复合物上形成40S前起始复合物（40S preinitiation complex）
这里，eIF-2-GTP介导了起始tRNA与40S小亚基的结合，然后eIF-2-GDP通过eIF-2B（鸟苷酸释放蛋白）再生。
此时，由于eIF-3和40S小亚基相结合，eIF-6和60S大亚基相结合，所以小亚基暂时还不能与大亚基相结合。
（2）mRNA结合到40S前起始复合物上形成40S起始复合物。
该过程需要ATP，另外还需要一些起始因子（eIF-4A、eIF-4B、eIF-4F、eIF-1）。
eIF-4F结合在mRNA5’端的帽子结构上，eIF-4A（一种ATPase）和eIF-4B（一种helicase）改变mRNA的二级结构。对真核起始因子的鉴定发现一些起始因子是更大因子的组成亚基，如eIF-4E（也称cap结合蛋白或CBPⅠ）就是由几个eIF-4F亚基组成。（eIF-4F常称为CBPⅡ）
（3）40S起始复合物扫描mRNA寻找适当的起始密码子（通常是5’端附近的AUG）。
（4）40S复合物与60S大亚基结合形成80S起始复合物。
该过程另需1个GTP。此时，60S大亚基上的eIF-6已经被释放。在形成复合物过程中，在eIF-5参与下，eIF-2-GTP水解成eIF-2-GDP。eIF-2，eIF-3，eIF-4A，eIF-4B，eIF-4F，eIF-1从起始复合物上释放。
因此，真核生物肽链合成起始复合物由mRNA、80S核糖体和Met-tRNAiMet组成。与原核相比，真核起始多消耗了1个ATP（形成40S起始复合物）、1个GTP（形成80S起始复合物）。
延伸图18.10
与原核类似，也可分为aa-tRNA的入位、转肽、移位三步反应。
入位
50kD的延伸因子eEF-1α-GTP与aa-tRNA结合，引导aa-tRNA进入A位点，aa-tRNA的反密码子如果与mRNA的密码子正确配对后eEF-1α-GTP水解掉一个P，随后eEF-1α-GDP离开核糖体，留下aa-tRNA。在eEF-1β、eEF-1γ的帮助下，eEF-1α-GDP再生为eEF-1α-GTP。
在真菌（如酵母）中，需要另一个延伸因子eEF-3与eEF-1α共同引导aa-tRNA的入位。
肽键形成（转肽）
核糖体大亚基的肽酰转移酶活性催化A位点α-氨基亲核攻击P位点的aa的羧基，在A位点形成一个新的肽键。P位点上卸载的tRNA从核糖体上离开移位移位需要一个100kD的延伸因子eEF-2-GTP。eEF-2-GTP结合在核糖体未知的位置上，GTP水解成释放的能量使核糖体沿mRNA移动一个密码子的位置，然后eEF-2-GDP离开核糖体。
终止真核细胞中有两个释放因子eRF-1和eRF-3（GTP结合蛋白）介导终止。当GTP结合到eRF-3后它的GTPase活性就被激活，eRF-1和eRF-3-GTP形成一个复合物，当UAG，UGA，UAA进入A位点时，该复合物就结合到A位点上，接着GTP水解促使释放因子离开核糖体，mRNA被释放，核糖体解体成大小亚基，新生肽在肽酰转移酶催化下被释放。
真核生物蛋白质合成中的能量计算（合成一个二肽）
ATPA（GTP）
高能键
甲硫氨酰-tRNA合成
ATP-AMP
2
起始（IF-2）
2GTP-GDP
ATP-ADP
3
第二个a.a-tRNA合成
ATP-AMP
2
第二个a.a-tRNA进入核糖体（eEF-1α -GTP）
GTP-GDP
1
核糖体移位（eEF-2-GTP）
GTP-GDP
1
终止（eRF-3-GTP）
GTP-GDP
1
合成二肽（形成一个肽链）需10个高能键，其后每加一个a.a需4个高能键。
例：合成200个a.a残基的多肽
10+198×4=802
（4n+2）=4×200+2=802
真核生物的翻译后加工许多新生肽要经过一种或几种共价键修饰，这种修饰可以在正延伸着的肽链中进行。一般情况下，翻译后修饰一是为了功能上的需要，另一种情况是折叠成天然构象的需要。包括：
切除加工典型的情况包括切除N-端甲硫氨酸、信号肽序列和切除部分肽段将无活性的前体转变成活性形式。
我们知道，一些酶的前体（称为前体酶proenzyme，或酶原zymegen）只有切除特定的肽段后才能从无活性形式转变成活性形式。无活性的多肽前体称为前体蛋白（proprotein）
图18.11是胰岛素的翻译后加工包含信号肽的胰岛素前体称为前胰岛素原（pre-proinsulin），去掉信号肽的胰岛素的前体称为胰岛素原(proinsulin),进一步切除称为C链的肽段后才能形成活性形式的胰岛素（insulin）
蛋白质内含子
90年代初，发现了两类新的内含子。
一类是蛋白质内含子，其DNA序列与外显子一起转录和翻译，产生一条多肽链，然后从肽链中切除与内含子对应的a.a序列，再把与外显子对应的氨基酸序列连接起来，成为有功能的蛋白质。
另一类是翻译内含子，mRNA中存在与内含子对应的核苷酸序列，在翻译过程中这一序列被“跳跃”过去，因此产生的多肽链不含有内含子对应的氨基酸序列。
糖基化真核生物中糖基化修饰很普遍，但是糖基基团的功能还不是十分清楚。通常情况下，分泌蛋白的寡糖链较复杂，而内质网膜蛋白含有较高的甘露糖。
图18.12是N-糖苷键型核心寡糖链的合成,它是在磷酸多萜醇上组装成的（多萜醇存在于所有细胞的细胞膜上，磷酸化多萜醇主要存在于内质网膜）。
羟基化在结缔组织的胶原蛋白和弹性蛋白中pro和lys是经过羟基化的。此外，在乙酰胆碱酯酶（降解神经递质乙酰胆碱）和补体系统（参与免疫反应的一系列血清蛋白）都发现有4-羟辅氨酸。位于粗糙内质网（RER）上的三种氧化酶（脯氨酰-4-羟化酶，prolyl-4-hydroxylase，脯氨酰-3-羟化酶和赖氨酰羟化酶，lysylhydroxylase）负责特定脯氨酸和赖氨酸残基的羟化。脯氨酰-4-羟化酶只羟化-Gly-x-pro-，脯氨酰-3-羟化酶羟化Gly-pro-4-Hyp（Hyp,hydroxyproline），赖氨酸羟化酶只作用于-Gly-X-lys-，胶原蛋的脯氨酸残基和赖氨酸残基羟化需要Vc，饮食中Vc不足时就易患坏血症（血管脆弱，伤口难愈），原因就是胶原纤维的结构不力（weak collagen fiber structure）。
磷酸化蛋白磷酸化参与代谢调控和信号转导以及蛋白与蛋白之间的相互作用。例如，PDGF受体的酪氨酸残基经过自身磷酸化后才与细胞质定位蛋白质结合。
亲脂修饰蛋白质亲脂修饰后可以改变膜结合能力和特定的蛋白与蛋白之间的相互作用。最常见的亲脂修饰是酰化和异戊二烯化。尽管豆蔻酸在真核细胞中很罕见，但是豆蔻酰化却是最常见的酰化形式之一。N-豆蔻酰化（豆蔻酸以酰酰氨键形式共价连在肽链N端的残基上）能增加特定G蛋白的α 亚基对膜结合的β、γ亚基的亲和力。
甲基化通过甲基转移酶进行。天冬氨酸的甲基化能促进已破坏蛋白的修复或降解，在2，3-二磷酸核酮糖羧化酶（rihilose-2,3-biosphosphate carboxylase）、钙调蛋白（calmodulin）、组氨酸（histone）、某些核糖体蛋白和细胞色素C中都有甲基化的赖氨酸残基。其它可甲基化的氨基酸残基还有His（如组蛋白、视紫红质、eEF-2）、Arg（如休克蛋白、核糖体蛋白）。
二硫键形成二硫键通常只发现于分泌蛋白（如胰岛素）和某些膜蛋白中，在细胞质中由于有各种还原性物质（如谷胱甘肽glutathione和硫氧还蛋白thioredoxin）所以细胞质蛋白没有二硫键。因为内质网腔是一个非还原性环境，所以粗糙内质网上的新生肽只暂时形成二硫键。当新生肽进入内质网腔时，一些肽链可能会按氨基酸次序依次暂时形成二硫键，但最终会通过交换二硫键位置的形式形成正确的结构，内质网中可能还有一种二硫键异构酶（disulfide isomerase）催化该过程。
真核生物的翻译调控真核的翻译调控非常复杂，总结起来有以下几个方面：
mRNA向细胞质的运输核膜创造的转录与翻译的隔离为基因的表达提供了一个重要的调控机会。mRNA的加工（内含子切除）、mRNA向细胞质的运输都是调控位点，mRNA向细胞质的运输是一个受到严格控制的过程，并且它至少需要mRNA5’端的帽子和3’端的poly A尾巴。
mRNA的稳定性
mRNA 的半衰期从20分钟到24小时。在mRNA上有一些去稳定序列（destablization sequence）,它们的二级结构是核酸酶的底物，也有些稳定序列（stablization sequence）。特定蛋白与mRNA上特定序列的结合能影响它的稳定性，3’端的腺苷化核去腺苷化会影响它的稳定性核翻译活性。在核中，mRNA被加工后运输到细胞质时含有100~200个polyA尾巴，当polyA缩减到30个以下时整个mRNA就会被降解。在特定条件下polyA能被选择型地延长或缩短。
翻译的负调控一些阻遏蛋白能结合在特定mRNA的5’端阻止翻译的进行，如铁蛋白的合成。铁蛋白是储铁的蛋白，主要发现于肝细胞中。铁蛋白mRNA上有铁应答元件（IRE），阻遏蛋白可以结合在上边，当细胞中铁浓度高时，那么大量的铁原子就结合到阻遏蛋白上，使它从IRE上解离，铁蛋白mRNA就可以被翻译。
起始因子磷酸化。
当遭遇热休克、病毒感染、生长因子缺乏等逆境时，真核细胞eIF-2就发生磷酸化，大部分蛋白质的合成降低，而一些hsp核其它蛋白的翻译增强，以应付热休克和其他胁迫条件，但其机理还不清楚。
translational frameshifting
一些mRNA似乎含有结构信息，在阅读框内可以从+1或-1出开始阅读，结果翻译出两条或多条多肽。这种情况常见于被反转录病毒翻然的细胞内。
(6) 真核生物双功能 mRNA
极少数真核mRNA 上，可能从两个不同AUG起始合成蛋白质。若两个AUG属于同一阅读框，则形成两个长短不同的蛋白质，其中有部分多肽完全相同。若两个AUG处于不同的阅读框中，则合成两个序列完全不同的蛋白质。一条mRNA可合成两种蛋白质，称双功能mRNA。
(7) 只有最后一个终止密码子的多基因mRNA的翻译真核生物的泛素蛋白基因。酵母有5个泛素基因，重复组成基因簇。人类有9个。每个基因编码76个a.a的泛素。泛素羧端水解酶可识别泛素的空间构象，当翻译进行到一个单位出来后，泛素的控间构象形成，这种酶可切下泛素单位。
蛋白质合成后的定向转运由于真核细胞的结构和功能很复杂，所以蛋白质合成后的定向转运（targeting,translocation）的机制也很复杂，转运的研究是从分泌蛋白开始的。现在比较清楚的有两种机制：转录本的区隔化（transcript localization）和信号肽机制。
转录本的区隔化细胞质中蛋白质的分布是不对称的，如果蝇卵中的bicoid（对果蝇发育中的基因表达起调控作用），果蝇头部的正常发育（如头节）需要卵头部（anterior）高浓度的bicoid，卵尾部低浓度的bicoid促进果蝇尾部的发育。将第一个卵的尾部细胞质取出并替掉第二个卵的头部，那么由受体卵发育出的幼虫就有两个尾部。现在认为细胞质中蛋白质的梯度是由转录本的取隔化造成的。所谓转录本的区隔化就是特定mRNA与细胞质中特定位点的受体结合。bicoid mRNA是从附近的nurse 细胞进入正发育的卵母细胞中，一旦进入卵母细胞，bicoid mRNA通过其3’端与顶部细胞骨架的特定组分结合。当成熟的卵发育时，bicoid mRNA的翻译（与bicoid蛋白的扩散偶连）就造成了bicoid蛋白的浓度梯度。
现在看来多肽的转运有两种机制：（1）翻译转运同步机制（共转译，cotranslational transfer）。分泌蛋白、质膜蛋白、溶酶体蛋白、内质网和高尔基体滞留蛋白，首先在游离核糖体上合成含信号肽的部分肽段后就结合到内质网上，然后边合成边进入内质网腔，经初步加工和修饰后，部分多肽以芽泡形式被运往高尔基体，再经进一步的加工和修饰后被运往质膜、溶酶体或被分泌到胞外。（2）翻译后转运机制（posttranslational translocation）。叶绿体蛋白和线粒体蛋白是在细胞质游离核糖体上被完全合成后通过新生肽的信号序列（引导肽Leader peptide）直接运往目的地并被加工。
信号肽,翻译转运同步机制信号肽是Gunter Blobel1975年提出的，用以解释多肽向内质网的跨膜转运。
含信号肽的多肽进入内质网的过程：当包含信号肽的多肽被合成一部分时，信号肽识别体（SRP）就识别信号肽并结合到核糖体上，翻译暂时停止，SRP与内质网膜上的受体（停泊蛋白，docking protein）结合，核糖体与内质网结合，SRP离开，延伸的肽链通过内质网上的肽移位装置（translocon）进入内质网，信号肽被切除。
新生肽的命运就取决于信号肽和其他的信号序列。对于分泌蛋白来说，跨膜转运后要切除N端信号肽，多肽进入内质网腔，此后还要在高尔基体进行下一步的修饰加工。跨膜蛋白转运的起始阶段与分泌蛋白类似，N端的信号肽作为起始信号结合在膜上，多肽链的其余部分线形穿过膜。单跨膜蛋白（single pass membrane protein）有一个终止转运信号（stop transfer signal）,它阻止后续肽段的继续穿膜（图18.14B），多跨膜蛋白有一系列交替出现的起始和终止信号（图18.14C）。
被转运到内质网中的多肽多数还要运往它处。经过初步的翻译后修饰，可溶性蛋白和膜结合蛋白被运输到高尔基体，这种运输是经过运输泡进行的（图18.15），滞留内质网中的蛋白有滞留信号，在许多脊椎动物中它是C端的四肽：Lys-Asp-Glu-Leu（简称KDEL）。
在高尔基体中，多肽进一步被修饰，如N-糖苷键型寡糖链进一步被处理，特定Ser和Thr残基进行O-糖苷键型糖基化修饰。溶酶体蛋白添加一个6-磷酸甘露糖残基后被运往溶酶体。现在还不清楚下一步有什么信号指导分泌蛋白运往细胞表面（经过胞外分泌，exocytosis），什么信号指导质膜蛋白的运输，有人提出一种默认机制（缺省机制，default mechanism）：在缺失指导信号的情况下的一个特定的顺序事件。
信号肽：P412
信号识别体：P412
翻译后转运机制（posttranslational translocation）
线粒体和叶绿体蛋白是在细胞质游离核糖体上完全合成后运输来的，同样，这种运输也需要信号序列。
图18.16是细胞色素C1向线粒体的运输。
细胞色素C1合成要被转运到线粒体的内膜空间（它是ETC 复合物Ⅲ的一个组分），细胞色素C1的转运需要两个序列（N端），第一个指导它运往线粒体基后质被切除，第二个指导它运往内膜空间后被切除，细胞色素C1肽链折叠并结合一个血红素辅基后与内膜上的复合物Ⅲ结合。
问题：质体蓝素（plastocyanin）是一种在叶绿体光合作用中作为电子传递体的含铜蛋白，定位于类囊体腔，和类囊体膜的内表面相连，它的转运需要N端的两段转运信号，假设其转运与线粒体相似，那么它是如何被转运的呢？
转膜机制蛋白质的折叠蛋白质的一级结构和它的三维构象以及生物功能的直接关系一直是现代生物化学研究的重点。这方面的一个重要的经典的范例是Christuian Anfinsen 在1950年后期做的一系列实验（1972年获得诺贝尔化学奖）。
图18.17
变性的牛胰RNase在适当的条件下能重新折叠成天然的生物活性的状态。这暗示如果多肽的aa的物理、化学性质以及驱动折叠过程的力（如键的旋转、自由能氨基酸在多水环境中的特性）都已知的情况下应该可以预测一个蛋白的三维结构，然而尽管用尽各种先进的技术，进展仍然缓慢。总的说来，蛋白质的折叠是一个楼梯式的（stepwise）过程，在这个过程中，二级结构的形成是早期的特征，疏水作用似乎是很重要的驱动力。因为表面氨基酸残基的替代很少影响蛋白质的结构和构象，相反，疏水核中氨基酸残基的替代常常导致严重的结构变化。
传统的蛋白质折叠模式（仅仅靠氨基酸残基侧链之间的相互作用驱使蛋白质折叠成最终的形式）有很大的不可解释性：
（1）时间性。
蛋白质的合成通常只需要几秒到几分钟，如果一个新生肽要尝试完各种可能的构象直到最稳定的构象，那么计算一下每个键旋转到最终的生物活性形式所用的时间至少要用年来衡量，甚至是一个天文数字。
（2）复杂性如果基于物理数据（如键角、旋转的角度）来折叠，那么要计算折叠的数学模型显然太复杂了，在这么短的时间内完成这么快、这么精巧的一个过程似乎不可能。
近年来，已经确定，生活细胞中蛋白质的折叠和转运是在分子伴侣的帮助下进行的。其中大部分是hsp。它存在于所有的 生物中，从细菌到高等动植物已发现了几种类型的分子伴侣。此外，它们还存在于原核性质的细胞器中，如线粒体、叶绿体和内质网。到目前为止发现所有的分子伴侣在序列同源性上都很高。
图18.18
分子伴侣在蛋白折叠方面的作用表现在两方面：
（1）从多肽开始合成到折叠的这段时间里，分子伴侣可以保护多肽链不受其他蛋白的攻击，一些线粒体和叶绿体蛋白在插入细胞器膜之前必须保持未折叠状态。
（2）帮助蛋白质正确快速地折叠或组装成多亚基蛋白。
在蛋白质折叠中有两类分子伴侣：
（1）Hsp70s。
Hsp70s是在折叠的早期阶段起作用的分子伴侣家族。大量的Hsp70s。大量的Hsp70s单体结合在未折叠的疏水的正延伸肽段上。每一个Hsp70s有两个结合位点：未折叠多肽结合位点和ATP结合位点。多肽从Hsp70s上释放需要能量。内质网的Hsp70s还是多肽跨膜转运所必须的。
（2）Hsp60s。
一旦未折叠的多肽从Hsp70s上被释放，它就结合到一些Hsp60s上（也称chaparonins,cpn60s）。Hsp60s形成一个巨大的桶状结构，它有两个盖，位折叠蛋白进入桶中，Hsp60s帮助它形成正确的结构。
分子伴侣还能帮助因各种胁迫而部分去折叠蛋白的重新折叠，如果不能重新折叠的话，分子伴侣就促进它的降解。
本章要点
mRNA上密码子与tRNA上反密码子的碱基配对是遗传信息翻译的基本机制。
翻译包括三个阶段：起始、延伸、终止。每个阶段都有相应的翻译因子的参与。
蛋白质合成后还要一系列的翻译后修饰、折叠和定向转运。
翻译后修饰包括切除、共价修饰、插入辅因子。
真核与原核的翻译后调控不同，原核有SD序列调控和翻译的自身负调控，真核较复。
蛋白质的折叠可以发生在肽链合成中或合成后，它是在分子伴侣的作用下进行。
本章问题不同生物间rRNA和核糖体蛋白的三维结构极其相似，为什么？
遗传密码的特性怎样理解氨酰tRNA合成酶的作用是第二遗传密码？
叙述发生在氨酰tRNA合成酶上的两个反映氨酰tRNA合成酶有时也会出错，它是如何检测和校正的？
叙述蛋白质合成三个阶段的主要事件翻译因子在原核和真核的翻译过程中个起什么功能？
写出下列多肽的密码子，有几种可能？
判断下列过程发生在蛋白质合成的哪个阶段/
A核糖体亚基与mRNA结合
B多肽被正确合成
C核糖体沿着mRNA移动
D核糖体解离成亚基估计一下合成200个AA需要多少个ATP和GTP？
翻译因子中GTP的作用原核和真核翻译的主要区别举例说明翻译后修饰的意义
SD序列和30S亚基的配对为原核提供了识别起始密码子和Met密码子的机制，那么真核如何办呢？
每一个延伸循环的三步反应原核与真核翻译调控的主要区别描述SRP的结构和功能描述translocon在共翻译转运中的作用
mRNA的结构如何影响翻译的调控假设一个典型的分泌蛋白要被分泌到胞外，描述一下细胞内的加工过程。
要用一个多肽的一级结构来预测它的高级结构，主要的困难和问题在那里？
叙述分子伴侣在蛋白质折叠中的作用。
多核糖体：
一条mRNA上同时有多个核糖体与之结合，它们以不同进度进行多肽连的合成。
24 遗传密码如何编码？有那些特点？
mRNA上每三个相邻的核苷酸编成一个密码子，代表肽链合成种的某种氨基酸或合成的起始和终止信号，4种核苷酸共组成64种密码子。
特点：①方向性；编码方向：mRNA的5’到3’②连续性：密码子之间连续排列，即无间隔也无重叠。③兼并性：除了Met、Trp只有一个密码子之外，其余每种氨基酸都有2~6个密码子④摆动性：在密码子与反密码子相互识别的过程种，密码子的第一个核苷酸起决定性的作用，第二个尤其是第三个核苷酸能在一定的范围内进行变动。⑤通用性：不同生物功用一套密码。
25 保证准确翻译的关键是什么？
①氨基酸与tRNA的特异性结合依靠氨酰tRNA合成酶的特异识别作用。②密码子与反密码子特异结合，依靠互补碱基配对结合实现，也有赖于核糖体的构象正常而实现正常的装配功能。
