代谢曲线对照
发酵过程的参数相关分析
参数曲线相关分析的优势
?从发酵过程多尺度系统理论来看,参数趋势曲
线相关有可能是某一尺度的线性或动力学行为,
也可能是多尺度系统的结构性突变,因此用常
规的单一尺度模式有时就无法解释过程中发生
的许多现象。
?虽然这些过程检测大多是环境中的状态或操作
量,但可以通过进一步分析,得到反映分子、
细胞和反应器工程水平的不同尺度问题的联系,
从而实现跨尺度观察和跨尺度操作。
参数相关耦合的定义
?参数耦合相关是指各种直接参数、间接参数
以及实验室手工参数随着发酵过程的进行而
变化,并且参数间发生某种耦合相关。
?这种参数相关是生物反应器中物料、能量或
信息传递、转换、以及平衡或不平衡的结果,
其微观因素也许只是发生在基因、细胞或反
应器工程水平的某一个尺度上,但最终会在
宏观过程中有所反映,这就为我们研究生物
反应器中不同尺度的数据关联分析方法提供
了线索。
发酵过程参数检测的意义
?可以得到反应细胞尺度、分子尺度和工程尺
度的反应特性,并通过分析而加以区分不同
尺度的问题;
?可以了解发酵过程各参数之间的多样性、时
变形、相关耦合性和不确定性,了解复杂的
发酵过程
?通过参数的检测,可进一步优化发酵工艺,
最终提高产品的生产产量。
参数相关基本特性
各种直接参数、间接参数以及手工测定的实
验室参数随着发酵过程的进行而 变化,并且参数间
发生某种耦合相关,这种参数相关反映了发酵过程
多尺度(水平)的问题 特征。
发酵过程检测参数的特性
?所检测到的参数均是动态平衡的结果
检测参数 = 供给 — 消耗
?残留基质浓度对代谢的影响
?限制性基质的概念
发酵过程参数相关分类
?理化相关
纯属物质理化性质变化所引起的参数相关
?生物相关
生物相关是指通过生物细胞的生命活动所引起
的参数之间耦合相关
理化相关
* 搅拌转速、通气流量、罐压力 ∽ 溶解氧 DO
转速 ↑,气泡 ↑,气液接触表面积 ↑,KLa↑,OTR〉 OUR,DO↑
理化相关的普遍特性
* 理化相关对不同细胞对象具有普遍性,
不因细胞生理活性的变化呈现不同的特
性。
? 要注意过程数据采集的非同步性引
起的误相关,特别要注意间接参数的变
化产生的对过程研究的误导。
生物相关
生物相关是指通过生物细胞的生命活动所引起的参数之间耦
合相关,主要体现在二种方式:
其一,通过生物细胞生长代谢后引起的培养液物性的变化,
进而引起的参数相关。
菌体生长引起的生物相关特性
* 快速生长期时,培养液粘度上升,KLa下降,
引起 DO水平的变化。
* 培养液粘度的变化也会引起溶解二氧化碳 CO2
与排气二氧化碳浓度 ECO2的差异 。
* 轴向流桨叶所持留的微气泡与快速增长的菌
体形成气溶胶现象, 结构性粘度严重影响培
养液的混和, 传递特性 。
* 搅拌转速 ∽ pH
代谢引起的生物相关
通过生物细胞及代谢途径的不同所引起的
活性变化,直接对控制对象特性发生影响。
菌体细胞代谢活性变化而直接引起的某测定参
数的变化,即为代谢特性参数相关。
----代谢强度的变化
----代谢途径的变化
----引起的基质消耗或代谢产物形成的不同
代谢活性变化:环境条件的线性或动力学因
素、细胞内某调节因子引起的代谢流迁移、基因水
平的信息流。
生物相关:排气氧浓度与溶解氧浓度的对应关系
不同发酵周期的 EO2浓度与 DO的几种对应关系。这种不
同的对应关系是与不同操作条件和菌体呼吸强度有关的。
rpm
DO
ECO2
EO2
加糖 加糖
ECO2
ECO2
ECO2
EO2
EO2
EO2
DO
DODO
rpm
rpmrpm
h h
h h
非碳源限制,临界氧浓度以下
(DO变化不显著)
碳源限制,临界氧浓度以下
(DO变化显著)
非碳源限制,临界氧浓度以上
( EO2变化不显著)
碳源限制,临界氧浓度以上
( EO2变化显著)
补糖与氮源的利用关系
生物相关,OUR与 DO的基本相关特征
OUR
DO
rpm
加糖
DO和 OUR之间的动力学特征O2消耗与过程传递的物质平衡
时间 (h)
呼吸商 (RQ)变化的生物学意义
?表征不同的代谢途径
厌氧代谢、耗氧代谢
不同的耗氧代谢途径间的差异
?表征不同的基质利用情况
基质还原性强与弱的差异
多基质利用的参数相关变化
某抗生素发酵的糖与油利用转移
不同尺度问题相关的举例
DO
OUR
CLC
Rpm ↓ DO ↓
当DO低于临界氧
浓度(C L c )时,OU
R下降,细胞代谢由好
氧向厌氧途径迁移。
分子水平
基因工程血红蛋白 hemoglobin (VHB)
对氧的亲和力提高(由图所示),临界氧下降 。
VHB
第三部分
发酵过程优化控制举例
鸟苷发酵过程优化与多尺度研究
鸟苷是呈味核苷酸二钠, I+G”的重要原料,
七十年代上海工业微生物研究所开始研究
发酵水平,7克 /升 12克 /升
没有形成产业
广东星湖公司从工微所购买上述菌株,经
过多年研究开发:
发酵水平,12克 /升 16克 /升
项目背景
项目背景
2000年 I+G 产品首次独家面市,遇到日本冲击,同年 9月投资 2,1
亿的新开发厂区全面停产。 16g/L──> 25g/L (盈亏持平)
参数相关分析与状态方程建立
通过鸟苷发酵过程的数据采集发现:
40小时 OUR下降,补糖速率不变,
鸟苷产率迅速下降 ── 代谢流迁移
状态方程建立与系统识别
生物反应器:测量观察值 多尺度:细胞代谢流
17 种氨基酸的时序变化
纸层析分析
有机酸的积累
实测结果,代谢流分析
35小时:丙酮酸、丙氨酸积累
代谢途径迁移的酶学测试
─── HMP途经 → EMP途经
磷酸果糖激酶 磷酸葡萄糖脱氢酶
丙酮酸激酶
柠檬酸合成酶丙氨酸脱氢酶
化学计量学方法的代谢流研究
代谢网络的代谢反应式 代谢方程组
在线检测通气流量、发酵液体积、排气氧和二氧
化碳浓度
离线常规分析菌体、葡萄糖和产物浓度
HPLC测定乙酸、柠檬酸和丙酮酸等有机酸浓度
HPLC测定丙氨酸等 17种氨基酸浓度
关键技术
不同时间代谢流分布 HMP
EMP
丙氨酸
代谢流,HMP→EMP→丙氨酸
菌体生理形态变异与代谢流迁移的相关性
生理特性的状态估计
菌体形态变化
菌体变异的定量分析与研究
图像采集与处理
弯度大于 0.5
弯度大于 1.0
鸟苷生产菌中嘌呤核苷合成途
径三段基因序列的分析
嘌呤核苷生物合成与对应的基因操纵子
生产菌的遗传背景研究
对编码肌苷鸟苷生物合成途径中关键酶
的基因进行研究:
?pur操纵子的启动子部分序列 ( pur操纵子包
含嘌呤生物合成途径中有关的 12个基因 )
?purA基因 ( 编码 AMP支路的 sAMP合成酶 )
?guaA基因 ( 编码 GMP支路的 GMP合成酶 )
?guaB基因 ( 编码 GMP支路的 IMP脱氢酶 )
根据 Genebank中已公布的枯草杆菌基因组
序列, 针对所要研究的四段序列, 设计适当
的引物合成基因 。
分别从下列四个菌株中用 PCR拉出
上述序列:
野生型枯草杆菌 ( 160)
低产型肌苷生产菌 7191( 161)
目前肌苷生产菌 ( 162)
目前鸟苷生产菌 ( 163)
Genebank
关键技术
研究结果
肌苷和鸟苷生产菌在 54位 ( 以翻译起
始点为 1计 ) 缺失了一个 A,因此将导致以
下的所有 序列 发生移码突变, 所编码的
sAMP合成酶失活, 致使 AMP合成支路受阻,
有利于肌苷和鸟苷的积累 。 这可能是导致
生产菌株产苷水平升高的一个重要原因 。
关键技术
结 论
从鸟苷生产菌的基因比较研究结果,本
课题的鸟苷生产菌株 已具有高产菌的基因结
构,而发酵过程中菌体细胞的 主流代谢流的
迁移是提高生产能力的主要矛盾。
关键技术
跨尺度分析与工艺改进
确定以代谢流由 EMP向 HMP途径回复迁移为
目标进行过程工艺优化,并以 OUR的下降作为
跨尺度操作的相关因子
发现调控因子 A加入后短期内 OUR的下降速
度就开始放慢,到 48小时开始维持稳定直至放
罐,并且发酵后期的糖耗速率也变慢
关键技术
关键技术
代谢流控制
工艺改进前后的酶活时序变化
工艺改进前后葡萄糖激酶时序变

0
0, 0 2
0, 0 4
0, 0 6
0, 0 8
0, 1
0, 1 2
1 2 h 2 4 h 3 6 h 4 0 h 4 4 h 4 8 h
t / h
Δ
A/min
原 工 艺 新 工 艺
工艺改进前后磷酸果糖激酶的
时序变化
0
0, 0 0 5
0, 0 1
0, 0 1 5
0, 0 2
0, 0 2 5
0, 0 3
0, 0 3 5
0, 0 4
0, 0 4 5
0, 0 5
1 2 h 2 4 h 3 6 h 4 0 h 4 4 h 4 8 h
t / h
Δ
A/min
原 工 艺 新 工 艺
工艺改进前后 6 - 磷酸葡萄糖脱氢酶
的时序变化
0
0, 0 0 5
0, 0 1
0, 0 1 5
0, 0 2
0, 0 2 5
0, 0 3
0, 0 3 5
0, 0 4
0, 0 4 5
0, 0 5
1 2 h 2 4 h 3 6 h 4 0 h 4 4 h 4 8 h
t / h
Δ
A/min
原 工 艺 新 工 艺
工艺改进前后丙氨酸脱氢酶的
时序变化
0
0, 1
0, 2
0, 3
0, 4
1 2 h 2 4 h 3 6 h 4 0 h 4 4 h 4 8 h
t / h
酶活力
原 工 艺 新 工 艺
工艺改进前后的代谢流时序变化
HMP EMP
HPM/EMP 丙氨酸
结 果
?创建了全新的补料控制工艺
50L发酵罐:
17.2克 /L →32 克 /L(60小时 )
?菌体细胞主流代谢流迁移问题是本项目过
程优化的关键。
关键技术
文章、著作发表
发表论文,51篇
出版专著、著作:
?多尺度微生物过程优化,化学工业出版社
? Study on Industrial Fermentation Process
on Multi-scale and Its Optimization,
Advance Biochemical Engineering/
Biotechnology,2003 Volume( 87),
Biomanufacturing 2004年 3月出版
基因工程人血清白蛋白 (rh-SA)趋势曲线图
? 50L实验室,700mg/L----7g/L,放大到 500L
基因工程疟疾疫苗高密度高表达
70mg/L→2.6g/L70mg/L--?2.6g/L
华蒙金河生物技术有限公司的生产车间现场( 50L放
大到 120M3),从 2000年 9月至 2001年 3月间,饲料
金霉素发酵从 16000u/ml提高到 21000u/ml,新增利
润 1176万元,新增创汇 883万元。
远程通讯与异地数据传送与分析
DO-发酵液中溶解氧浓度,OUR-菌体代谢耗氧速率,CER-二氧化碳释放速率,RQ-
呼吸商 -代谢途径, KLa-生物反应器中氧传递速率, pH酸碱度、菌体浓度,… 等 40多
个参数
9-25小时之间 RQ呈低谷状 必需限制补葡萄糖
推广应用
0-8小时, OUR,CER,DO,pH,RQ,F ── 不同水平
8.9小时, OUR与 CER继续上升呈分枝态; pH迅速上升 RQ呈低谷
状 ── 非葡萄糖碳源利用; 25小时前, 必需
限制补加葡萄糖速率 (RGLU)
5000 u/ml
?ù ò? ?? ?o ( S c i e n c e,2 00 1,29 3( 55 30 ), 61 4 )
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