Chapter13 核酸的物理化学性质
N
N
N
H
N
N H
2
Chapter14 核酸的研究方法
Chapter13 核酸的物理化学性质
一、核酸的水解
(一)核酸的酸水解或碱水解
?核酸分子中的磷酸二酯键可在酸或碱性条件下水解切断。
?DNA和 RNA对酸或碱的耐受程度有很大差别。
例如,在 0.1 mol/L NaOH溶液中,RNA几乎可以完全水解,
生成 2′ 或 3′ 磷酸核苷; DNA在同样条件下则不受影响。这种
水解性能上的差别,与 RNA核糖基上 2′ -OH的邻基参与作用有
很大的关系。在 RNA水解时,2′ -OH首先进攻磷酸基,在断开
磷酯键的同时形成环状磷酸二酯,再在碱的作用形成水解产物。
DNA一般对碱稳定,RNA对碱不稳定。
(二)核酸的酶水解
一、核酸的水解
?生物体内存在多种核酸水解酶。这些酶可以催化水解多聚
核苷酸链中的磷酸二酯键。
?以 DNA为底物的 DNA水解酶( DNases)和以 RNA为底物的 RNA
水解酶( RNases)。
?根据作用方式又分作两类,核酸外切酶 和 核酸内切酶 。
?核酸外切酶的作用方式是从多聚核苷酸链的一端( 3′ 端或
5′ 端)开始,逐个水解切除核苷酸;核酸内切酶的作用方式
刚好和外切酶相反,它从多聚核苷酸链中间开始,在某个位
点切断磷酸二酯键。
?在分子生物学研究中最有应用价值的是限制性核酸内切酶 。
这种酶可以特异性的水解核酸中某些特定碱基顺序部位 。
Chapter13 核酸的物理化学性质
Chapter13 核酸的物理化学性质
一、核酸的水解
(二)核酸的酶水解
脱氧核糖核酸酶类
1、牛胰脱氧核糖核酸酶 (DNaseI):从 5′ 磷酸末端切下寡聚核苷酸。
2,牛脾脱氧核糖核酸酶 (DNaseII),从 5′ 磷酸末端切下寡聚核苷
酸。
3、限制性内切酶:存在于细菌体内,用于专一性地降解外源的 DNA,
限制性内切酶已成为基因工程最重要的工具酶。如 EcoRI
(请看教材 503— 504页)
二、核酸的分子量、溶解性、粘度和酸
碱性质
Chapter13 核酸的物理化学性质
1,分子量在数百至数百万之间;微溶于水,不溶于
有机溶剂;变性时粘度降低;
2、核酸的碱基、核苷和核苷酸均能发生解离。在一
定的条件下可形成兼性离子,为两性电解质,具有等
电点。
Chapter13 核酸的物理化学性质
三,核酸的紫外吸收
? 在核酸分子中,由于
嘌呤碱 和 嘧啶碱 具有
共轭双键体系,因而
具有独特的紫外线吸
收光谱,最大吸收峰
波长( λmax )在
260nm处,可以作为
核酸及其组份定性和
定量测定的依据。
Chapter13 核酸的物理化学性质
三,核酸的紫外吸收
摩尔磷消光系数 508页
增色效应,核酸发生变
性时,摩尔磷消光系数 增加
的现象。
减色效应,复性后,摩
尔磷消光系数 又降低的效应。
Chapter13 核酸的物理化学性质
四、核酸 的变性、复性及分子杂交
? (一 ) 核酸的变性 (denaturation)
? 核酸的变性,维系核酸三维结构的碱基堆积力和氢键
如果受到某些理化因素的破坏,其三维结构就要改变,
从而引起理化性质及生物学功能的改变,这种现象称
为核酸的变性。
变性核酸将失去其部分或全部的生物活性。核酸的变性并不涉
及磷酸二酯键的断裂,所以它的一级结构 (碱基顺序 )保持不变。
? 能够引起核酸变性的因素很多 。 温度升高, 酸碱度改变, 甲醛和
尿素等的存在均可引起核酸的变性 。
变性与降解的区别:是否涉及共价键的断裂和分子量的改变。
Chapter13 核酸的物理化学性质
四、核酸 的变性、复性及分子杂交
核酸的变性的特征
? DNA的变性过程是突变性的,它在很窄的温度区间内完
成。因此,通常将引起 DNA变性的温度称为融点,用 Tm
表示。
? 一般 DNA的 Tm值在 70-85?C之间。 DNA的 Tm值与分子中的
G和 C的含量有关。
? G和 C的含量高,Tm值高。因而测定 Tm值,可反映 DNA分
子中 G,C含量,可通过经验公式计算,
? ( G+C)%=(Tm-69.3)X2.44
影响 DNA Tm大小的因素,DNA的均一性; G— C的
含量;介质中的离子强度。
Chapter13 核酸的物理化学性质
四、核酸 的变性、复性及分子杂交
? 当 DNA的稀盐溶液加热到 80-100℃ 时,双螺旋结构即发生解体,
两条链彼此分开,形成无规线团。
? DNA变性后,它的一系列性质也随之发生变化,如紫外吸收
(260 nm)值升高,粘度降低等。
Chapter13 核酸的物理化学性质
四、核酸 的变性、复性及分子杂交
(二 ) 核酸的复性 (renaturation)
? 核酸的复性,变性 DNA在适当的条件下,两条彼此分
开的单链可以重新缔合成为双螺旋结构,这一过程称
为复性。 DNA复性后,一系列性质将得到恢复,但是生
物活性一般只能得到部分的恢复。
? DNA复性的程度, 速率与复性过程的条件有关 。
? 将热变性的 DNA骤然冷却至低温时, DNA不可能复性 。
但是将变性的 DNA缓慢冷却时, 可以复性 。 分子量越大
复性越难 。 浓度越大, 复性越容易 。 此外, DNA的复性
也与它本身的组成和结构有关 。
(二 ) 核酸的复性 (renaturation)
Chapter13 核酸的物理化学性质
四、核酸 的变性、复性及分子杂交
(三 ) 核酸的杂交 (hybridization)
? 热变性的 DNA单链,在复性时并不一定与同源 DNA互补
链形成双螺旋结构,它也可以与在某些区域有互补序
列的异源 DNA单链形成双螺旋结构,叫 核酸杂交 。
? 这样形成的新分子称为杂交 DNA分子。 DNA单链与互补
的 RNA链之间也可以发生杂交。
? 核酸的杂交在分子生物学和遗传学的研究中具有重要
意义。
Southern blotting ( Southern印迹法),DNA-DNA杂交
Northern blotting ( Northern印迹法),DNA-RNA杂交
Western blotting ( Western印迹法):抗原 -抗体结合 510页
(三 ) 核酸的杂交
五、核酸的沉降特性
Chapter13 核酸的物理化学性质
超速离心法纯化核酸。分离 DNA常用氯化铯密度梯
度;分离 RNA常用蔗糖密度梯度;应用啡啶嗅红 -氯化
铯密度梯度平衡超离心可将不同构象的 DNA,RNA及蛋
白质分开,是实验室最常用的纯化质粒 DNA的方法
请看 515页
Chapter13 核酸的物理化学性质
六、核酸的凝胶电泳
1,琼脂糖凝胶电泳,分
析分子量大于 1000bp的 DNA
片段
请看 516页
2,聚丙烯酰胺凝胶电泳:
分析分子量小于 1000bp的
DNA片段
七,DNA的固相合成 520页
八,DNA的限制酶图谱
限制性
内切酶
来源于细菌,高度专一地识别外源 DNA上的特定位
点,并将其切断,形成形成粘性末端或平齐末端。不降
解自身细胞的 DNA。因为在自身相应位点上经甲基化
修饰而受到保护。
DNA的限制性
内切酶图谱
何叫回文结构?
A— T— C— G— A— T— C— G— A— T— C— G— A— T
T— A— G— C— T— A— G— C— T— A— G— C— T— A
即对某 DNA上所有的限制性酶切
位点的确定。
本节完
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Chapter14 核酸的研究方法
Chapter13 核酸的物理化学性质
一、核酸的水解
(一)核酸的酸水解或碱水解
?核酸分子中的磷酸二酯键可在酸或碱性条件下水解切断。
?DNA和 RNA对酸或碱的耐受程度有很大差别。
例如,在 0.1 mol/L NaOH溶液中,RNA几乎可以完全水解,
生成 2′ 或 3′ 磷酸核苷; DNA在同样条件下则不受影响。这种
水解性能上的差别,与 RNA核糖基上 2′ -OH的邻基参与作用有
很大的关系。在 RNA水解时,2′ -OH首先进攻磷酸基,在断开
磷酯键的同时形成环状磷酸二酯,再在碱的作用形成水解产物。
DNA一般对碱稳定,RNA对碱不稳定。
(二)核酸的酶水解
一、核酸的水解
?生物体内存在多种核酸水解酶。这些酶可以催化水解多聚
核苷酸链中的磷酸二酯键。
?以 DNA为底物的 DNA水解酶( DNases)和以 RNA为底物的 RNA
水解酶( RNases)。
?根据作用方式又分作两类,核酸外切酶 和 核酸内切酶 。
?核酸外切酶的作用方式是从多聚核苷酸链的一端( 3′ 端或
5′ 端)开始,逐个水解切除核苷酸;核酸内切酶的作用方式
刚好和外切酶相反,它从多聚核苷酸链中间开始,在某个位
点切断磷酸二酯键。
?在分子生物学研究中最有应用价值的是限制性核酸内切酶 。
这种酶可以特异性的水解核酸中某些特定碱基顺序部位 。
Chapter13 核酸的物理化学性质
Chapter13 核酸的物理化学性质
一、核酸的水解
(二)核酸的酶水解
脱氧核糖核酸酶类
1、牛胰脱氧核糖核酸酶 (DNaseI):从 5′ 磷酸末端切下寡聚核苷酸。
2,牛脾脱氧核糖核酸酶 (DNaseII),从 5′ 磷酸末端切下寡聚核苷
酸。
3、限制性内切酶:存在于细菌体内,用于专一性地降解外源的 DNA,
限制性内切酶已成为基因工程最重要的工具酶。如 EcoRI
(请看教材 503— 504页)
二、核酸的分子量、溶解性、粘度和酸
碱性质
Chapter13 核酸的物理化学性质
1,分子量在数百至数百万之间;微溶于水,不溶于
有机溶剂;变性时粘度降低;
2、核酸的碱基、核苷和核苷酸均能发生解离。在一
定的条件下可形成兼性离子,为两性电解质,具有等
电点。
Chapter13 核酸的物理化学性质
三,核酸的紫外吸收
? 在核酸分子中,由于
嘌呤碱 和 嘧啶碱 具有
共轭双键体系,因而
具有独特的紫外线吸
收光谱,最大吸收峰
波长( λmax )在
260nm处,可以作为
核酸及其组份定性和
定量测定的依据。
Chapter13 核酸的物理化学性质
三,核酸的紫外吸收
摩尔磷消光系数 508页
增色效应,核酸发生变
性时,摩尔磷消光系数 增加
的现象。
减色效应,复性后,摩
尔磷消光系数 又降低的效应。
Chapter13 核酸的物理化学性质
四、核酸 的变性、复性及分子杂交
? (一 ) 核酸的变性 (denaturation)
? 核酸的变性,维系核酸三维结构的碱基堆积力和氢键
如果受到某些理化因素的破坏,其三维结构就要改变,
从而引起理化性质及生物学功能的改变,这种现象称
为核酸的变性。
变性核酸将失去其部分或全部的生物活性。核酸的变性并不涉
及磷酸二酯键的断裂,所以它的一级结构 (碱基顺序 )保持不变。
? 能够引起核酸变性的因素很多 。 温度升高, 酸碱度改变, 甲醛和
尿素等的存在均可引起核酸的变性 。
变性与降解的区别:是否涉及共价键的断裂和分子量的改变。
Chapter13 核酸的物理化学性质
四、核酸 的变性、复性及分子杂交
核酸的变性的特征
? DNA的变性过程是突变性的,它在很窄的温度区间内完
成。因此,通常将引起 DNA变性的温度称为融点,用 Tm
表示。
? 一般 DNA的 Tm值在 70-85?C之间。 DNA的 Tm值与分子中的
G和 C的含量有关。
? G和 C的含量高,Tm值高。因而测定 Tm值,可反映 DNA分
子中 G,C含量,可通过经验公式计算,
? ( G+C)%=(Tm-69.3)X2.44
影响 DNA Tm大小的因素,DNA的均一性; G— C的
含量;介质中的离子强度。
Chapter13 核酸的物理化学性质
四、核酸 的变性、复性及分子杂交
? 当 DNA的稀盐溶液加热到 80-100℃ 时,双螺旋结构即发生解体,
两条链彼此分开,形成无规线团。
? DNA变性后,它的一系列性质也随之发生变化,如紫外吸收
(260 nm)值升高,粘度降低等。
Chapter13 核酸的物理化学性质
四、核酸 的变性、复性及分子杂交
(二 ) 核酸的复性 (renaturation)
? 核酸的复性,变性 DNA在适当的条件下,两条彼此分
开的单链可以重新缔合成为双螺旋结构,这一过程称
为复性。 DNA复性后,一系列性质将得到恢复,但是生
物活性一般只能得到部分的恢复。
? DNA复性的程度, 速率与复性过程的条件有关 。
? 将热变性的 DNA骤然冷却至低温时, DNA不可能复性 。
但是将变性的 DNA缓慢冷却时, 可以复性 。 分子量越大
复性越难 。 浓度越大, 复性越容易 。 此外, DNA的复性
也与它本身的组成和结构有关 。
(二 ) 核酸的复性 (renaturation)
Chapter13 核酸的物理化学性质
四、核酸 的变性、复性及分子杂交
(三 ) 核酸的杂交 (hybridization)
? 热变性的 DNA单链,在复性时并不一定与同源 DNA互补
链形成双螺旋结构,它也可以与在某些区域有互补序
列的异源 DNA单链形成双螺旋结构,叫 核酸杂交 。
? 这样形成的新分子称为杂交 DNA分子。 DNA单链与互补
的 RNA链之间也可以发生杂交。
? 核酸的杂交在分子生物学和遗传学的研究中具有重要
意义。
Southern blotting ( Southern印迹法),DNA-DNA杂交
Northern blotting ( Northern印迹法),DNA-RNA杂交
Western blotting ( Western印迹法):抗原 -抗体结合 510页
(三 ) 核酸的杂交
五、核酸的沉降特性
Chapter13 核酸的物理化学性质
超速离心法纯化核酸。分离 DNA常用氯化铯密度梯
度;分离 RNA常用蔗糖密度梯度;应用啡啶嗅红 -氯化
铯密度梯度平衡超离心可将不同构象的 DNA,RNA及蛋
白质分开,是实验室最常用的纯化质粒 DNA的方法
请看 515页
Chapter13 核酸的物理化学性质
六、核酸的凝胶电泳
1,琼脂糖凝胶电泳,分
析分子量大于 1000bp的 DNA
片段
请看 516页
2,聚丙烯酰胺凝胶电泳:
分析分子量小于 1000bp的
DNA片段
七,DNA的固相合成 520页
八,DNA的限制酶图谱
限制性
内切酶
来源于细菌,高度专一地识别外源 DNA上的特定位
点,并将其切断,形成形成粘性末端或平齐末端。不降
解自身细胞的 DNA。因为在自身相应位点上经甲基化
修饰而受到保护。
DNA的限制性
内切酶图谱
何叫回文结构?
A— T— C— G— A— T— C— G— A— T— C— G— A— T
T— A— G— C— T— A— G— C— T— A— G— C— T— A
即对某 DNA上所有的限制性酶切
位点的确定。
本节完